El lugar de Montangoncello es uno de los lugares que el conde Borrell intercambió con el obispo Sal·la de la Seu d'Urgell en el año 988. Ocho años más tarde encontramos las primeras noticias del castillo. Este pasó a formar parte del vizcondado de Castellbó a partir del año 1253. La iglesia de Sant Joan aparece documentada por primera vez entre los años 1040 y 1060. En la actualidad depende de la parroquia de Santa Maria de Organyà.

El templo, construido en el siglo XII,  está situado junto al cementerio, en una ladera de la sierra de Sant Joan sobre el pueblo de Montanisell. 

El templo es muy sencillo, formado por una única nave acabada en un ábside semicircular, que está decorado con un sencillo friso de arcos ciegos apoyados en pequeñas ménsulas, de factura muy tosca.

La puerta de acceso se encuentra en el muro sur. Es de factura muy sencilla y está formada por un arco de medio punto dovelado. En ella se conserva el tirador de tradición románica.

El templo se iluminaba únicamente con dos ventanas; una en la parte central del ábside y una en el muro sur, ésta última está muy deteriorada. En época moderna se hicieron dos aperturas más.

El muro oeste está coronado con un campanario de espadaña de un solo ojo, rehecho posteriormente.