Conocemos la existencia de este templo ya en el año 993 gracias al testamento del conde Borrell II, en que dejaba a la iglesia de Santa Maria dos vacas. La primera consagración que conocemos data del año 1057 y la hizo el obispo de Urgell Guillem de Cerdanya. Una treintena de años más tarde, en el 1090, se vuelve a consagrar un nuevo templo, mandado construir por Gitard Isarn, señor de Caboet, para establecer una canónica agustiniana. 

A finales del siglo XI un incendio causó graves desperfectos en el templo, por lo que fue necesario reconstruirlo. En 1224 la canónica se independizó de la Seu d'Urgell. Esta situación duró  hasta el año 1539, cuando el papa Pablo II la unió a la mensa capitular de Urgell y era convertida en canónica secular

La iglesia ha sufrido numerosas modificaciones a lo largo de los siglos, que han alterado considerablemente su estructura. Actualmente tiene tres naves, si bien en época románica sólo tenía una.  Esta estaba acabada en un ábside semicircular, que ha quedado parcialmente oculto por las construcciones posteriores. Todavía se pueden ver dos de las tres ventanas de medio punto y doble derrame que tenía. Estas están enmarcadas entre lesenas y un friso de arcos ciegos. Sobre este friso encontramos otro de dientes de sierra.

El otro elemento románico más característico es la fachada oeste. Está construida en el siglo XIII mostrando ya las trazas del incipiente arte gótico. Está construida con sillares muy grandes y bien tallados. El nivel del suelo antiguamente era mucho más alto, pero en época moderna se rebajó, tal y como se puede ver claramente en la portalada.

La puerta de acceso está formada por tres arcos  apuntados, resaltados por tres arquivoltas, que descansan en una imposta. Esta está decorada con motivos vegetales. El arco más exterior está decorado con bolas, un motivo muy habitual en la zona y que también podemos ver en la catedral de la Seu d'Urgell.  La arquivolta más interior está apoyada en dos columnas, que tienen los capiteles lisos en forma de anillo. Sus bases, en cambio, están esculpidas con medias bolas unidas por tallos.

Todo el conjunto está protegido por un guardapolvo, esculpido con tréboles de tres hojas.

Encontramos este mismo motivo escultórico en  la cornisa, donde se apoyaba el tejado original.

Posteriormente se va sobrealzó el templo, construyendo una galería con ocho arcos de medio punto. En este mismo momento se construye un imponente campanario de torre en el ángulo noroeste.

Volvemos, a encontrar tréboles de tres hojas en el anillo exterior del ojo de buey, que se abre sobre la puerta de acceso. En el círculo siguiente encontramos otra vez una decoración a base de bolas. El anillo más interior está decorado con hojas vegetales muy esquematizadas.

En el muro oeste también podemos ver una ventana abocinada y de medio punto.

Durante las últimas obras de restauración se descubrieron, integradas en el muro sur, unos arcos góticos, correspondientes al claustro canonical.

En el Museu Nacional d'Art de Catalunya se conserva una majestad procedente de este templo. Fue depositada por el rector de Organyà en 1906 y adquirida definitivamente por el museo dos años más tarde. Se trata de una majestad vestida y coronada de finales del siglo XII. Como en otras tallas de la zona, representa a un Cristo no en majestad si no como un Cristo sufriendo en la cruz.

En 1904 el historiador J. Miret y Sanos descubrió las conocidas Homilies d'Organyà. Durante mucho tiempo han sido consideradas como el escrito más antiguo conservado dónde aparece la lengua catalana. Fue escrito a finales del siglo XII o principios del XIII. Se trata de unos sermones o comentarios de textos litúrgicos. Actualmente sólo se conservan ocho hojas en la Biblioteca Nacional de Catalunya.