El poblado se menciona por primera vez en un documento del año 988, en el que se reflejan unos intercambios de tierras entre el conde Borrell y el obispo Sal·la de la Seu d'Urgell. La siguiente noticia la encontramos ocho años más tarde, cuando aparece citado un castillo en esta zona. Este pasó a formar parte del vizcondado de Castellbó a partir del año 1253. 

Del antiguo núcleo de población de Montanissell casi no queda nada en pie.  

Entre la vegetación podemos ver restos de muros de algunos edificios, hechos con piedras sin trabajar.

Se desconoce por qué el núcleo de población se trasladó hacia el llano, en un lugar equidistante con la iglesia románica de Sant Joan.

También se desconoce por qué el templo, que podemos ver en el poblado, también está dedicado a San Juan. Resulta curioso encontrar dos iglesias dedicadas al mismo santo y que las dos se encuentren alejadas del casco urbano.

El templo actual corresponde a unas importantes reformas hechas en los siglos XVII y XVIII También se le cambió la advocación y hoy en día está dedicada a la Virgen de la Salud.