L'edifici actual Està edificat sobre tres construccions anteriors: un temple del segle IV, un altre de tres naus del segle VI o VII i un tercer del qual encara es pot veure part del mur nord.

La primera basílica es va construir en el segle IV. Tenia una única nau de planta rectangular. Començava on avui trobem la rectoria i el centre d'acollida de visitants i arribava fins al creuer de l'església actual. El seu paviment estava format per un mosaic de tipus geomètric. El fragment més gran el trobem a l'exterior del temple actual, just davant la porta.

Aquí podem observar mosaics amb decoració geomètrica i també elements iconogràfics propis de la primera època cristiana com pans i peixos.

D'aquesta primera basílica també es conserva el baptisteri, trobat durant les excavacions realitzades l'any 1947 a l'interior de la nau de Santa Maria, prop del transsepte sud. Era una piscina baptismal d'immersió, de planta quadrada coberta amb un baldaquí i que es trobava en un edifici aïllat de la basílica i de planta octogonal. La seva descoberta ha estat una veritable troballa, ja que és l'únic baptisteri d'aquestes característiques que podem trobar a la península.

Sobre aquesta basílica es va construir la gran catedral egarenca. Per a aquesta construcció de tres naus, separades per arcs recolzats en columnes, es va destruir la piscina baptismal i es va construir un nou paviment. Als peus de l'església es construeix una estança, separada del temple, on s'ubica la nova piscina baptismal. En les darreres obres de restauració es va descobrir aquest espai, situat a la rectoria. 

Aquest edifici havia estat menystingut al llarg dels segles pensant que no tenia cap valor, però s'ha pogut comprovar que ja formava part de la primera basílica i que va ser utilitzat com a baptisteri i lloc funerari.

Amb la invasió musulmana comença la decadència del temple. La pèrdua de condició de Catedral, en desaparèixer la diòcesis egarenca, fa que es decideixi construir un temple molt més modest i adient a les necessitats de l'època, consagrat l'any 1112.

Aquest nou temple es construeix sobre l'anterior, aprofitant part de la seva capçalera, concretament l'absis central. Té planta quadrada des de l'exterior, mentre que per l'interior té planta de ferradura.

L'església té una sola nau, amb planta de creu llatina.

El transsepte està cobert amb volta de canó.

La volta de la nau, que arrenca d'una senzilla motllura, és de perfil apuntat, ja que va ser refeta en el segle XIII, anunciant l'arribada del gòtic.

En el punt on es creuen el transsepte i la nau s'alça una cúpula semicircular.

Per l'exterior la cúpula es transforma en un esvelt cimbori octogonal, que acaba en un campanar de torre quadrat, de dues plantes.

A la primera podem veure una finestra de mig punt en cada costat, mentre que al pis superior apareixen dues finestres geminades.

Els capitells de les finestres geminades estan decorats amb motius vegetals.

La part inferior del cimbori està decorada amb arcuacions llombardes.

Aquesta mateixa decoració es repeteix en la façana oest i en el mur nord, on veiem els arcs cecs agrupats de dos en dos, a excepció del grup central de la façana on n'hi ha tres, i separats per lesenes.

És precisament en el sector nord on trobem algunes restes de la gran catedral egarenca. Es tracta del seu mur nord, que es va conservar per tal de separar l'espai del poble (parròquia de Sant Pere i el temple funerari de Sant Miquel) de la part destinada als canonges (església de Santa Maria i dependències canonicals).

També es conserven restes d'edificacions anteriors en el braç sud del transsepte.

Encastada en un dels murs del braç nord del transsepte trobem una làpida romana.

La capçalera de la catedral estava formada per tres absis, dels que només es va conservar el central. De l'absis sud podem veure l'arc que el comunicava amb el transsepte.

L'absis principal, aprofitat de l'antiga catedral, estava decorat amb pintures murals.

Segons els darrers estudis, corresponen al segle VI i són un exemple únic a Europa. Van ser descobertes l'any 1937, quan es van retirar les pintures del segle XIII que hi havia a sobre. Aquestes darreres estan en molt mal estat de conservació i amb prou feines s'entreveu la imatge de la Verge Maria, ja que han perdut molt el seu color. Corresponen a una tradició pictòrica romànica, si bé podem considerar que la Verge ja és de tipus gòtic.

Les pintures del segle VI, situades a la volta de l'absis, són similars a les que trobem a Sant Miquel. Es tracta d'imatges disposades concèntricament.

Les figures estan dibuixades de tal manera que les seves dimensions disminueixen a mesura que ens allunyem del centre. Podem veure uns personatges vestits amb túniques curtes i sense calçat. Sembla que les escenes representades podrien fer referència a fragments de la vida i Passió de Crist. A mesura que ens allunyem del centre, la conservació de les imatges és més deficient i amb prou feines es poden distingir algunes imatges de sants.

La finestra central de l'absis també està decorada. Hi podem veure bandes de colors, motius vegetals i dos columnes de cercles amb estrelles o flors al seu interior. La finestra dreta també conserva restes pictòriques, però en aquest cas són gòtiques.

En la part central de l'absis s'ha col·locat una talla de la Verge Maria policromada del segle XIV.

En el braç sud del transsepte podem trobar una absidiola excavada dins del mur. Aquesta està decorada amb la història del martiri de Tomas Becket. En aquest cas l'estat de conservació és força bo, gràcies a que va estar amagat durant molts anys per la presencia d'un retaule barroc del segle XVII. Aquestes pintures corresponen al segle XII.

A la part de la volta podem observar la figura del Crist entronitzat, beneint a dos personatges. A la seva dreta trobem a Tomas Becket i a l'esquerra el seu diaca. També s'observen els set canelobres, que segons el relat de l'Apocalipsi representen les set esglésies.

Just a sota del Crist en majestat, podem observar tres escenes que ens narren el martiri del sant. La narració va d'esquerra a dreta. En la primera imatge l'acusació de l'arquebisbe de Canterbury per part dels seus enemics. Al mig trobem l'escena de l'assassinat del sant, tot i que està parcialment desapareguda. A la dreta veiem com el cos del Tomas Becket és posat en un sepulcre, mentre que la seva ànima puja cap al cel, portada per dos àngels.

El darrer tram de les pintures és purament ornamental i representa uns cortinatges.

S'accedeix al temple per una porta situada en el mur oest. Està formada per un senzill arc adovellat de mig punt.

En un dels seus laterals ens sorprèn un fragment de fris romà del segle I, decorat amb motius vegetals.

En aquesta façana també veiem dues petites làpides inscrites, del prevere Arnau de Bernadí (s. XII) i de Pere de Toudell (s. XIII).

El temple tenia dues portes més situades en el sector oest dels braços del transsepte.

La porta del braç sud comunica amb un porxo amb quatre grans arcs de mig punt.  És el que queda dret de l'antic claustre, construït just quan es va acabar de fer el temple en el segle XII.

La galeria està coberta amb una volta de canó  lleugerament irregular i reforçada amb arcs torals. La força d'aquests arcs es descarrega en pilars rectangulars, que es van reforçar a principis del segle XX amb gruixuts contraforts.

Una escala adossada al mur de l'església permet accedir al cor elevat, que es troba als peus de la nau.

La porta d'accés al cor està formada per diversos arcs de mig punt en gradació.

En el braç sud del transsepte podem veure una petita porta, avui cegada, que comunicava l'església amb les dependències de la canongia.