L'església de Sant Pere és la més gran de les tres que formen el conjunt.

Presenta un absis trilobular i una planta rectangular, tot i que les transformacions que el temple ha patit al llarg dels anys ha fet variar aquesta distribució.

La part més antiga del temple és la capçalera, construïda abans del segle X i rematada per una cúpula semiesfèrica de perfil baix.

A finals del segle X i inicis del XI, es va reestructurar tapant el lòbul central de l'absis per col·locar-hi un retaule de pedra. Aquest es va descobrir l'any 1895 quan es va retirar un mur de pedra que servia de suport al retaule barroc. Està totalment decorat amb pintures murals i el formen dos fileres d'arcs cecs sostinguts per columnes i capitells molt senzills.

Dins dels arcs podem veure al Crist i a Sant Pere, al pis superior, i als quatre evangelistes, representats pel seus símbols, al pis inferior. Entre els arcs podem veure àngels i serafins. Per sota d'aquestes dues fileres d'arcs es poden observar restes d'una escena decorada, però en molt mal estat i mutilada per una porta que es va construir posteriorment. L'estructura d'aquest retaule, del segle XI, és única a Catalunya. No es coneixen elements similars.

En el presbiteri també es pot observar un altre element molt interessant. Es tracta del seu paviment, format per un mosaic del segle X, però de tradició romana. Està composat per motius geomètrics i florals. A sota encara es conserva un paviment previ en forma d'opus signinum.

Durant la reforma del segle XI també es va reedificar el transsepte, més elevat i de planta  cobert amb una volta de canó perpendicular a la de la nau.

Les darreres intervencions arqueològiques han permès descobrir la planta original del temple. Tenia tres naus, que acabaven en un transsepte on s'obrien tres absis, dels que només s'ha conservat el central.

La nau actual correspon a la tercera etapa de construcció del temple, ja en el segle XII. Aquest fet fa que les dimensions de la nau siguin molt desproporcionades respecte al transsepte.

La unió entre els dos  elements es realitza a través de dos arcs, lleugerament apuntats, entre els que es poden  veure restes de l'antiga nau.

La volta de la nau és de canó, però lleugerament apuntada i que arrenca d'unes senzilles motllures, situades en els murs laterals.

També podem datar en aquest segle el campanar d'espadanya que hi havia al mur oest, malgrat que l'actual va ser aixecat posteriorment.

Sobre el costat sud del transsepte, s'alça un altre campanar de cadireta de construcció moderna.

En el mur sud es troba la porta d'accés al temple.

Està formada per quatre arquivoltes llises de mig punt, protegides per un senzill guardapols.

Flanquejant la porta hi ha dos grans finestres de mig punt. Totes dues estan resseguides per un guardapols.

També podem observar la cornisa de la teulada sustentada per mènsules decorades amb elements vegetals, animals o caps humans.

Al mur nord encara es poden veure unes pintures murals, molt deteriorades, del segle XIV.

Aquestes representen escenes de la Passió de Crist i de la vida d'apòstols i sants.

En l'interior del temple es conserven diversos retaules gòtics, entre els que destaca el que està dedicat als sants Abdó i Senén, representants en la taula central, obra de Jaume Huguet. Els dos sants eren prínceps de Pèrsia i van ser executats a Roma. Per motius que es desconeixen les seves relíquies es van traslladar fins a Arlés al Vallespir. Ben aviat es va estendre la seva veneració per tot Catalunya, convertint-se en els patrons de la pagesia. Al voltant de la imatge central trobem quatre escenes de la vida dels dos sants i un calvari. En la predel·la trobem als sants metges Cosme i Damià i dues escenes de les seves vides.