Los orígenes de este templo los encontramos en el siglo X, cuando existía en la población un cenobio dedicado a San Cristóbal, San Julián y Santa Basilisa. El monasterio desapareció, pero la iglesia se mantuvo operativa como parroquia, una de las más importantes de Astorga. 

El edificio actual data del siglo XII, si bien ha sido profundamente reformado a lo largo de los siglos, especialmente en el siglo XVIII, cuando se reformó completamente su interior, según los gustos barrocos de la época. También se añadieron varias capillas y otras estancia, que rodean el templo.

Del edificio románico sólo se conservan fragmentos de sus muros laterales, la portalada y algunos canecillos esculpidos en el muro norte.

De la puerta destacaremos sus cuatro capiteles, esculpidos con motivos vegetales, aves y personajes bíblicos.

En 1892 perdió la condición de parroquia, pasando a depender de la iglesia de San Bartolomé y a partir de este momento se fue deteriorando progresivamente.  Hacia el año 1920 fue cerrada al culto. Así estuvo hasta que el obispo Mérida Pérez decidió restaurarla y convertirla en su panteón. Es en ese momento que se cambió su advocación, pasando a ser un santuario dedicado a la Virgen de Fátima.