L'indret on s'alçava l'església de santa Margarida ja estava ocupat en l'antiguitat, tal i com ho demostren les nombroses troballes arqueològiques obtingudes durant les diferents campanyes d'excavació realitzades.

Ja en època romana es té constància del pas de la Via Augusta per aquest indret, gràcies als dos fragments d'un mil·liari romà de l'època de l'emperador Maxenci, datat entre els anys 350 i 353, trobats en les excavacions realitzades durant la dècada dels setanta del passat segle.

Al costat del mur nord, protegides per teles i a l'espera de ser estudiades amb més detall, les restes d'una necròpolis dels segles VI i VIII.

També en aquest indret s'alçava una basílica visigòtica en el segle VII. Sobre ella es va edificar l'actual temple en la segona meitat del segle XII. Era la parròquia del proper monestir de Sant Genís, i es va construir a la seva imatge i semblança.

La primera notícia documentada que ens ha arribat d'aquesta església la trobem en l'any 1143. Posteriorment, en 1448 va patir els efectes d'un terratrèmol, que va enfonsar la seva volta.

No fou fins el segle XVI que es decideix reconstruir el temple, però només de forma parcial. Tan sols es restauren els dos trams més orientals i es deixen els altres dos com a pati previ al temple. S'aprofiten els arcs formers que no s'havien esfondrat amb el terratrèmol,  per obrir-los amb l'objectiu d'afavorir  l'efecte de pati. 

El temple romànic es va construir amb planta rectangular acabada en un absis recte. En la volta es conserven restes pictòriques de factura posterior. En els murs laterals es van obrir dos arcosolis, formats per un arc de mig punt.

La única nau estava coberta amb volta de canó lleugerament apuntada i reforçada per arcs torals.

En l'absis s'obre una finestra de mig punt de doble esqueixada.

En l'intradós de l'arc, tant en la part exterior com en la interior, trobem uns motius circulars esculpits. Es tracta d'uns discos solars, reaporfitats del temple visigot.  

Com ja hem comentat, des de la segona meitat del segle passat, s'estan portant a terme tasques d'excavació, que han permès descobrir diferents dependències que envoltaven al temple, així com els fonaments de l'església anterior.

En la capçalera del temple romànic podem veure el mur que limitava a l'est la capçalera visigoda. Era plana per l'exterior i dividida en tres capelles per la part interior. La central tenia forma d'arc de ferradura, mentre que les laterals eren rectangulars. Un cop finalitzades les tasques d'excavació es van protegir els murs amb teles i es va reomplir la nau del temple amb grava, que no ha impedit que actualment estigui plena de males herbes que oculten les traces de l'absis central pre-romànic.  

La porta d'accés la trobem en el mur oest. Està formada per dos arcs de mig punt adovellats, sense timpà i llinda.

Per sobre del nivell de la porta s'obren dues finestres de mig punt. Corona la façana una finestra en forma de creu grega. 

Al sud de l'església, en l'espai que s'ha estat excavant en els darrers anys, s'han trobat diversos enterraments.