Los orígenes del actual monasterio los encontramos en un cenobio o lugar emerítico de época visigoda. Este pasó a depender de del monasterio de Santa Maria de Ripoll en el año 933, junto con las iglesias de Sant Iscle, Sant Martí y Sant Pere, gracias a una donación hecha por el conde Sunyer. La influencia del monasterio de Ripoll era muy débil y por este motivo el monasterio de Santa Cecília de Montserrat intentó hacerse con el control del cenobio benedictino de Santa María.  El abad Oliba reclamó al conde Berenguer Ramon I que aclarara esta disputa, que fue resuelta en el año 1023 confirmando la dependencia de Ripoll. Hacia el año 1070 el monasterio de Ripoll pasó a depender del de Sant Víctor de Marsella y Santa Maria de Montserrat se convirtió en un priorato.  

En el siglo XI se edificó un nuevo templo que sustituyó al anterior pre-románico. En los siglos XII y XIII se amplía el templo. Durante todo este tiempo el monasterio se fue consolidando, en parte gracias a las visitas periódicas de la familia real. Poco a poco fueron aumentando el número de peregrinos así como los territorios que controlaba el priorato, llegando a conseguir el dominio de todos los castillos que rodeaban la montaña

Ya en el siglo XIV se vuelve a ampliar el templo y se construye un nuevo claustro.

También en este siglo se inició un periodo bastante conflictivo, provocado por la dependencia de Ripoll. En varias ocasiones se intentó lograr la independencia, que no se consiguió hasta el año 1408, concedida por el papa Benedicto  XIII. Esta situación no duró demasiado, pues en 1493 el papa Alejandro VI, a petición de Fernando el Católico, lo puso bajo la jurisdicción de San Benito el Real de Valladolid.

En 1560 se empezó a construir un nuevo templo en estilo gótico, que fue consagrado en 1592. También en el siglo XVI se construye el ala este del dormitorio de los monjes y varias ermitas.

Durante la Guerra del Francés el monasterio fue fortificado y por este motivo acabó dinamitado. Rápidamente se empezó su reconstrucción, que la desamortización de 1835 detuvo parcialmente, por la pérdida de ingresos del monasterio. Nueve años más tarde se reabrió el templo y se entronizó solemnemente a la imagen de la Virgen. El monasterio fue reconstruido entre los siglos XIX y XX bajo la dirección de Josep Puig y Cadafalch . 

Del edificio románico sólo nos ha llegado la portalada del siglo XII y la imagen de la Virgen María , la Moreneta.  

Está formada por cinco arquivoltas en gradación, que estaban ricamente decoradas. La erosión ha hecho que se hayan perdido la mayoría de imágenes que tenía esculpidas.  En el centro encontramos un tímpano liso en el que había una imagen de la Virgen, colocada posteriormente, y que se retiró hace unos años. 

La arquivolta más interior está decorada con un motivo helicoidal. En la primera dovela del lado derecho todavía se conservan algunas de las flores que también decoraban esta arquivolta. También se ha conservado la primera dovela de la tercera arquivolta, que tenía escenas historiadas en cada dovela. En este caso podemos ver dos figuras aguantando una cruz en la primera dovela y una mano en la segunda. 

Las arquivoltas se apoyan en una imposta que se prolonga por toda la fachada A ambos lados de la portalada, bajo la imposta, encontramos unos plafones que estaban ricamente esculpidos con motivos vegetales, hoy muy deteriorados. 

También encontramos dos pares de columnas dónde se apoyan la primera y la tercera arquivoltas. La segunda y cuarta, en cambio, se apoyan en montantes en forma de chaflán. Tanto los capiteles como los montantes están decorados con escenas historiadas y animales fantásticos.  

Los del lado derecho se han conservado mucho mejor que los del lado izquierdo. En el más próximo al tímpano se puede ver a Adán y Eva junto al árbol prohibido tras haber comido la manzana. En la otra cara del capitel Dios recrimina a Eva por haber cometido este pecado.

En el otro capitel se representan animales fantásticos, motivo que se repite también en los dos montantes, dónde encontramos dos animales con la cabeza común y otros seres fantásticos.

En el lado izquierdo volvemos a encontrar animales fantásticos en el capitel más exterior y en los montantes, si bien están muy deteriorados.

En el montante correspondiente a la cuarta arquivolta encontramos más animales, si bien resulta difícil su interpretación.

A ambos lados de la portalada encontramos dos figuras, muy deterioradas, empotradas en la pared. En la del lado derecho parece que se representó un caballero montado a caballo, si bien algunos estudiosos afirman que se trata de Sansón sobre un león. En el lado derecho se intuye la figura de una bestia salvaje que tiene entre sus zarpas a un hombre.