Malgrat les constants pèrdues de documents històrics del temple en època moderna, podem documentar per primera vegada l'església de Manresa en l'any 890. Entre els anys 914 i 947, el bisbe Jordi de Vic va consagrar l'església de Santa Maria en presència del comte Sunyer. Abans d'acabar el segle, en l'any 999, va patir l'atac de les tropes d'Almansor, que devastaren el Bages. El temple va ser destruït, així com els seus llibres i documents. No és fins l'any 1020 que el comte Berenguer Ramon I i la seva mare Ermessenda restitueixen l'antiga església i el seu patrimoni. A partir d'aquest moment també es té constància de l'existència d'una canònica, si bé es desconeix quan va ser creada. Ramon Amat i el seu fill Ponç Ramon, que era clergue de Manresa, van donar l'església de Santa Maria al prior de l'Estany per a que introduís la regla agustiniana l'any 1093. D'aquesta manera s'acabava amb una situació de simonia, en que la propietat de la canònica estava en mans d'un particular. Més que una donació va ser imposició del bisbe Berenguer i de les autoritats de la ciutat. Per aquest motiu Ponç Ramon va va encapçalar l'oposició a la introducció d'aquesta reforma. Dos anys més tard trobem un document que ens parla de la vinculació de la canònica amb Sant Pere de Vic. Sembla que va ser un intent per accelerar la reforma i eliminar l'oposició i per això Ponç Ramon va ser nomenant abat. Però amb aquest nomenament no es va posar fi al conflicte i no fou fins a principis del segle XIII que s'instaura definitivament la regla de Sant Agustí.

Durant els segles XIV i XV tornen a aparèixer els problemes en el si de la comunitat. Es va intentar unir les canòniques de l'Estany i de Manresa, arran del saqueig que va patir la canònica de l'Estany per part de les tropes del castell d'Oló. Però aquesta unió no va prosperar.

En 1420 va morir el Paborde de Manresa i es va produir una divisió interna a l'hora de triar el seu successor. El conflicte va necessitar la intervenció del bisbe de Vic. A partir d'aleshores la vida canònica va anar a la baixa, fins que va ser abolida en 1592. A partir d'aleshores santa Maria de Manresa va passar a ser una canònica depenent del bisbat de Vic.

Dels dos temple pre-romànics, que van precedir la construcció del temple romànic del segle XII, no es conserva res, tan sols un capitell conservat en el Museu de la Seu i que probablement formava part de l'arc triomfal, doncs té una cara sense esculpir. En les altres tres trobem un treball força senzill a base de fulles vegetals.

No està clar si en el segle XI es va construir un nou temple, o bé simplement es va restaurar l'anterior temple pre-romànic i que havia patit els efectes de l'atac d'Almansor. Alguns documents sembla que indicarien que es va destruir fins als fonaments, però el fet de no trobar restes d'un edifici del segle XI, per petites que siguin, ha propiciat nombroses teories al respecte. De fet, durant molts anys s'ha considerat que la galeria claustral romànica que es conserva va ser feta en el segle XI i per tant formarien part d'aquesta primera canònica romànica, mentre que darrerament han sorgit veus que defensen que, malgrat el primitivisme dels seus capitells, daten de principis del segle XIII i per tant no hi ha cap vestigi d'un temple romànic del segle XI.

Ens consta imaginar que una comunitat que tot just acaba d'estabilitzar-se i adoptar definitivament la regla de Sant Agustí i que com a primer objectiu es marca la construcció d'un gran temple, sigui l'encarregada de fer un claustre molt sobri i escultòricament molt pobre per a l'època. Recordem que l'escultura romànica adquireix el seu esplendor durant la segona meitat del segle XII, per tant és bastant poc probable que un treball d'aquestes característiques es fes en el segle XIII i en un edifici com la seu Manresana. Per tant, ens inclinem a pensar que aquests elements formaven part dels edificis que van ajudar a construir Berenguer Ramon I i Ermessenda a principis del segle XI.

Aquestes dependències estan formades per unes grans galeries separades per arcs formers de mig punt de bona factura. Es situen a nord-oest de l'església romànica.

Van ser construïdes per igualar el terreny amb el relleu de la muntanya, que veiem en una de les galeries.

Al seu damunt veiem una de les petites joies de la seu manresana. Es tracta d'una galeria romànica, que algunes fonts afirmen que van formar part d'un petit claustre, mentre que d'altres les ubiquen en un porxo, similar al de la porta ferrada de Sant Feliu de Guíxols, i que posteriorment van ser traslladades a aquest indret. Per la seva estructura i dimensions, ens costa creure que realment formessin  part d'una porxada. Malauradament, no s'han conservat més ales d'un possible claustre i per tant tampoc es pot afirmar amb rotunditat aquesta hipòtesi.

De la galeria s'han conservat quatre arcs de mig punt adovellats, recolzats en quatre parelles de columnes. La parella més septentrional va ser construïda amb motiu de la reconstrucció del conjunt.

Els capitells d'aquestes columnes estan decorats de forma molt senzilla, bàsicament amb motius vegetals a excepció d'un capitell on també caps humans en els angles.

Aquest espai és utilitzat en l'actualitat com a museu lapidari on podem trobar capitells, claus de volta i altres elements escultòrics de tots els temps.

Del temple romànic del segle XII no es conserva massa cosa, doncs va ser enderrocat per a construir la gran església gòtica. Era un temple d'una sola nau rectangular, capçada a l'est per un transsepte, on s'obrien tres absis semicirculars.

Per sort, es va aprofitar bona part del mur nord per a bastir el temple gòtic. La resta es van enderrocar. En aquest mur encara es conserven dues finestres de mig punt i doble esqueixada.

També es pot veure un antic contrafort romànic, en el que hi ha carreus amb marques de picapedrer.

L'altre element que encara podem veure és l'arc que comunicava el braç nord del transsepte amb la nau.

L'antic cimbori romànic es va integrar en el campanar de torre, aixecat en el costat nord del temple, i on encara es pot veure la traça d'una finestra romànica.

Però l'element romànic del segle XII més important és una portalada. Es desconeix quin era el seu emplaçament original. Actualment permet l'accés al claustre del segle XVIII.

Aquesta portalada està formada per dos arcs de mig punt. L'interior està decorat per una arquivolta helicoïdal, que envolta un timpà esculpit. Aquest es recolza en una imposta amb motius vegetals i caps d'animals. El timpà que podem veure no és l'original. Els Amics de la Seu van fer esculpir-ne una còpia per evitar el deteriorament progressiu de l'original.

Aquest es conserva en el claustre barroc. Està presidit per la imatge de Maria amb el Nen a la falda. Jesús té la mà dreta aixecada en acció de beneir i a l'esquerra té un pergamí. Envolten a la Verge i al Nen quatre àngels amb encensers.

L'arquivolta es recolza en dues columnes amb  capitells historiats. En el capitell de l'esquerra veiem a Adam i Eva al voltant de l'Arbre de la Saviesa, on hi ha la serp cargolada. A l'altra cara veiem la mà de Déu expulsant-los del Paradís. En el capitell de la dreta es representen dos homes lluitant.

El poder econòmic de la ciutat durant el segle XIII té continuïtat en el XIV, quan es construeixen nombroses esglésies, convents, la sèquia que porta aigua del Llobregat, tres ponts i dos hospitals. És lògic pensar que la Seu també havia d'estar a l'alçada de les circumstàncies i per tant calia bastir un nou temple més adient a aquest moment d'esplendor. El 10 de Juny de 1322 es decideix iniciar les obres d'un nou temple amb les aportacions de 417 personatges de la ciutat. No tots aporten la mateixa quantitat ni en els mateixos terminis, si no que ho fan d'acord amb les seves possibilitats econòmiques i socials. Així doncs, uns dies més tard, el 30 de Juny, es decideix contractar a Berenguer de Montagut, constructor de Santa Maria del Mar juntament amb Ramon Despuig,  com a mestre major. A ell es deu el disseny del temple i la construcció de la primera etapa. No va ser l'única obra feta a Manresa per aquest arquitecte, doncs també va ser l'artífex del Pont Nou i del convent del Carme.

El segon diumenge d'octubre de 1328 es va beneir la primera pedra i es va començar a bastir la nova església per la capçalera.

El temple té planta de saló, capçat a l'est per un absis poligonal.

És un clar exemple de gòtic català tot i que els estudiosos no es posen d'acord a l'hora de descriure la seva distribució interior. El principal problema és que no està clar si es tracta d'un temple de tres naus i capelles laterals entre els contraforts, o si pel contrari cal considerar-lo un temple de nau única amb capelles laterals i un espai que les comunica entre elles i la nau.

La discussió radica en que les naus laterals i les capelles laterals tenen la mateixa alçada i comparteixen coberta. Aquest és un fet gens habitual en el gòtic català, com també que les naus laterals són molt més estretes que la nau principal, sense guardar la proporció de 2:1.

Però els defensors de la teoria de les tres naus afirmen que aquest espai de comunicació entre capelles està dissenya com a una nau, amb arcs torals. Probablement la profunditat de les capelles laterals va venir obligada per la presència d'arcs boterells dobles, que ajuden a descarregar la força de la nau principal, mont més alta que les laterals.

Sigui com sigui, les dimensions del temple el fan realment especial. La nau central té una amplada de 18,5 metres, convertint-se amb la més ampla del gòtic català, després de la de la Catedral de Girona. La seva alçada arriba als 35 metres i té una llargada, incloent la capçalera, de gairebé 70 metres.

Gràcies a la seva estructura, permet disposar de grans finestrals, decorats amb traceries gòtiques, que il·luminen el temple.  Malauradament els seus vitralls són moderns, doncs els originals es van destruir en un incendi l'any 1714.

En els segle XVI i XVII es construeixen diversos elements en estil renaixentista. El més important és la cripta, que trobem sota el presbiteri i on es veneren  els sants patrons de la ciutat. També es va construir el campanar i la capella del Santíssim.

A principis del segle XX es construeix el pòrtic de la façana principal i el baptisteri, situat en l'angle sud-oest, en estil neo-gòtic. Aquestes obres foren projectades per l'arquitecte Alexandre Soler i March, segons unes directrius fetes per Antoni Gaudí.

En els darrers anys s'ha produït una important restauració del temple, per intentar minimitzar o corregir  els nombrosos problemes estructurals que té el temple. El més important és la poca durabilitat que té la pedra sorrenca de Manresa, que es deteriora amb molta facilitat. Per aquest motiu ha estat necessari substituir bona part dels seus carreus.

En l'interior del temple es conserven alguns retaules gòtics de molta importància.  El més gran és el de l'Esperit Sant, obra de Pere Serra. La imatge central representa l'escena de la Pentecosta. La resta d'escenes també fan referència a moments de les Escriptures on apareix l'Esperit Sant, com l'Anunciació, el bateig o la resurrecció de Crist. També està representada la Creació del món i d'Adam, el naixement i la mort de Jesús. En la predel·la hi ha representat el Sant Enterrament de Crist, obra de Lluís Borrassà, que formava part d'un altre retaule ara desaparegut.

Un altre dels retaules està dedicat a la Trinitat, obra d'Antoni Marquès. En la taula central veiem a la Santíssima Trinitat, en presència del canonge Bernat Masseadella. Al seu damunt trobem a la Mare de Déu de l'Esperança, l'arcàngel Sant Gabriel i Santa Agnès. En la resta d'espais veiem la creació d'Eva, la trobada d'Abraham amb els tres àngels, a Moisès davant l’esbarzer en flames i el baptisme de Jesús. A la predel·la hi veiem a Sant Andreu, Sant Fruitós, Sant Agustí i Sant Maurici.

L'espai central té una rèplica del Crist de la Pietat, que es conserva en el Museu Episcopal de Vic. Malauradament, no hem pogut fotografiar-lo i per aquest motiu us oferim una imatge extreta de la pàgina web del museu.