Per una escala que ens porta des de l'actual entrada al monestir, pugem al conegut com Panteó dels nobles.

És una terrassa situada sobre la sala del concili en que trobem dues fileres de nínxols emmarcades per unes línies d'imposta esculpides amb escacat jaqués. Les seves làpides tenen forma de timpà esculpit i estan envoltades per un arc de mig punt adovellat. Els del pis superior i alguns de l'exterior estan resseguits per un guardapols també esculpit amb un escacat jaqués. Aquest es recolza en petites columnes, lleons o cariàtides. La majoria de nínxols del pis inferior han substituït l'escacat per boles.

Els motius amb que es van esculpir els nínxols són variats, destacant els crismons i les creus. També s'hi poden veure un cavaller a cavall, un escut heràldic, una mandorla amb una imatge difícil de reconèixer al seu interior i custodiada per dos àngels, a més de figures mitològiques.

El darrer enterrament fou el del Compte d'Aranda Don Pedro Abarca de Bolea en 1798. El seu sepulcre està en el mur de l'església. 

També es poden trobar, com en el claustre, empotrades en el mur nombroses làpides gravades amb epitafis.

Però San Juan de la Peña, a banda de ser un panteó de nobles, també ho va ser de reis. L'original panteó reial ha quedat ocult per nou que va construir Carles III i al que s'accedeix des de l'església superior.

Actualment es poden veure algunes tombes antropomorfes des de l'antiga cuina del monestir. En aquest petit espai que ha quedat després de la construcció del nou panteó, es van trobar les tombes de Ramir I, Sanç Ramírez i Pere I. La d'aquest darrer està decorada amb motius florals i en el seu interior es va trobar l'anell del monarca. També es van trobar enterrats altres membres de la família reial així com diversos objectes quotidians dels reis com daus o anells.