És la zona més fotografiada i més coneguda del monestir. La seva principal característica és l'absència de sostres en les seves galeries, ja que la pròpia roca li fa de sostre.

El mur del costat nord era molt més alt, però es va desplomar i ara permet la visió del claustre des de l'exterior. D'ell en resten alguns fragments com les restes del que podria ser una porta.

Va treballar en el claustre el conegut Mestre d'Agüero, ja que en aquesta població va fer les seves primeres obres. La seva obra es caracteritza pel delicat acabat de la vestimenta dels personatges així com els seus ulls ametllats. Es creu que va estar treballant en aquest claustre entre els anys 1145 i 1175.

El claustre està format per arcs de mig punt que es recolzen en capitells finament tallats. Per sobre els arcs hi ha esculpida una imposta esculpida amb escacat jaqués. El fust de les columnes té la particularitat de que en algunes ocasions és simple i d'altres doble. Malauradament no podem gaudir de totes les galeries. La del costat sud només té algunes arcades, la del costat est no en queda res i en els costats nord i oest els arcs estan profundament reconstruïts.

Si comencem el recorregut del claustre des de la porta mossàrab que comunica amb l'església, ens trobem amb un grup de capitells que ens narren escenes del Gènesis. El primer capitell representa la creació d'Adam i Eva. Es pot observar a Déu amb Adam a punt d'extreure-li la costella amb la que crearà a Eva, que apareix en l'altra cantonada del capitell. A l'altra banda del pilar trobem a Eva expulsada del Paradís. Malauradament la part superior d'aquesta imatge no ens ha arribat. Al seu costat trobem a la serp. En el centre del capitell està Adam, penedit d'haver menjat el fruit prohibit. El següent capitell ens parla d'Adam i Eva ja fora del Paradís amb els seus fills Caim i Abel, que estan llaurant els camps i cuidant d'animals.

El següent cicle ens parla de la infantesa de Jesús. En el primer capitell es mostra l'escena de l'Anunciació, de la Visitació, el naixement de Crist i l'anunciació als pastors. El següent capitell ens mostra a Josep dormint, que rep la visita d'un àngel. A l'altre banda es representa la ciutat de Betlem i la fugida d'Egipte. El cicle es tanca amb el capitell on estan representats als tres Reis Mags davant Herodes i també la matança dels innocents.

El següent bloc de tres capitells no està clar que ocupessin aquest espai, doncs la seva interpretació és força confusa. En el primer és possible que es narrin escenes del martiri de Sant Joan Baptista. El segon, en canvi, narra l'escena en que els Reis són advertits de no avisar a Herodes en el seu camí de retorn cap a l'Orient. El darrer, mal col·locat durant la restauració, podem veure als tres reis a cavall.

Els següents capitells estan dedicats a escenes de la vida pública de Jesús. En el primer d'ells, proper a l'angle nord-est, s'observa a Crist temptat pel dimoni, tot i el gran deteriorament que ha patit aquest capitell al llarg dels anys. En el pilar angular podem veure un capitell en que es representa a Jesús caminant sobre les aigües del llac de Tiberíades. En l'altre costat del pilar es representen les noces de Canaà. Els dos capitells següents estan reservats per a Maria Magdalena anunciant a Jesús la mort del seu germà Llàtzer i per a la resurrecció d'aquest. També està representada la unció de Betània, on es veu representats a Jesús, Judes, Llàtzer i Maria. 

El següent bloc ens parla dels darrers dies de Jesús. En primer lloc ens trobem amb l'entrada triomfal a Jerusalem a espatlles d'una mula. A continuació tenim un capitell on està representat el Darrer Sopar, amb l'escena del rentat de peus en la seva cara posterior. En el Darrer Sopar veiem a Jesús donant un tros de pa a Judes, assenyalant-lo així com a traïdor. Aquest per la seva banda intenta emportar-se un peix, símbol de Crist. Tanca aquest bloc el capitell dedicat a la traïció de Judes.

La resta de capitells que trobem en el costat sud del claustre ja no responen a l'obra del mestre d'Agüero. El seu estil és molt més senzill. En el pilar de l'angle sud-oest trobem un capitell en que estan representats alguns monjos amb llibres a les mans. A l'altra banda del pilar es representa a Crist a dins d'una mandorla amb àngels que l'envolten. També podem veure en aquesta zona un capitell amb aus mitològiques i un altre on veiem a un cavall, gotims de raïm, entrellaçats i gent carregant cistells.  En un altre capitell tornem a trobar unes aus que es piquen el cap unes a les altres.

En aquesta zona trobem també un capitell que està fora de context. Pertany al Mestre d'Agüero i correspon al cicle de Joan Baptista. En ell es pot veure, tot i que molt deteriorat, el bateig de Crist en el Jordà.

En les sales del museu es poden trobar alguns capitells més, que daten de la mateixa època que els d'aus que hem descrit anteriorment. En ells estan esculpits bèsties i motius vegetals.

En la paret del claustre que toca a l'església podem veure un munt de esqueles funeràries esculpides en les pedres.

En l'angle sud-est del claustre s'alça la capella gòtica de Sant Victorià. Es va construir en el segle XV i en ella reposen les restes d'alguns abats del monestir. En un dels murs es poden veure restes de pintures murals i d'un crismó.

En l'angle oposat a aquesta capella podem trobar la de San Voto. És d'estil neoclàssic i en el seu interior conserva un retaule del 1631 en que es representa la troballa del cadàver de l'ermità Joan per part del sant.