Los orígenes de este edificio se remontan a principios del siglo XI. Pese a las tensiones y conflictos con el obispado de Lleida, la comunidad vivió un periodo de esplendor durante los siglos XII y XIII. Fue a partir del siglo XV, que la canónica entró en decadencia, debido básicamente a la despoblación de la zona. En el siglo XVI se convirtió en colegiata y en archiprestado, que conservó su jurisdicción hasta el año 1874 en que se unió a la diócesis de Lleida.

Está construida dentro la muralla que rodeaba el castillo y la propia canónica. Del castillo se conservan la parte baja de un edificio rectangular y algunas torres. La fortificación parece tener sus orígenes en la época islámica (s. IX) y la última fase constructiva se desarrolló durante el siglo XI.

De la canónica nos ha llegado parte de la iglesia, así como diferentes dependencias del sótano, construido para salvar el desnivel de la zona. La planta original del templo era de tipo basilical con tres naves cubiertas con vuelta de cañón. Sobre los brazos del crucero, que prácticamente no sobresale del cuerpo rectangular que forman las naves, se levantaban dos campanarios de torre. El del lado derecho todavía se mantiene en pie, coronado por una espadaña.

La cabecera está formada por tres ábsides semicirculares. Los laterales están construidos dentro del muro y no sobresalen al exterior. El ábside central, en cambio, se levanta majestuoso por encima del pueblo de Àger. La cabecera, debido a su ubicación, fue integrada en la muralla de la zona del castillo. Debido a esta función defensiva, el ábside es muy austero y únicamente está decorado con un friso de arcos ciegos lombardos. La decoración es mucho más rica en la parte interior dónde podemos encontrar cinco arcadas sustentadas en columnas con capiteles decorados, los cuales se encuentran bajo una línea de imposta decorada. Los cinco capiteles que todavía se conservan al ábside nos permiten hacernos una ligera idea del esplendor que tuvo el templo, donde se podía encontrar unas de las muestras más interesantes de la escultura del siglo XI. Desgraciadamente, el paso de los siglos ha hecho que se haya perdido parte de este patrimonio o que se encuentre dispersado entre diferentes museos o por algunas fachadas del pueblo. A ambos lados del ábside encontramos una pequeña puerta que comunica con los ábsides laterales.

El templo también estaba decorado con pinturas murales del siglo XII. Los pocos fragmentos que nos han llegado se conservan al Museu Nacional d'Art de Catalunya . Corresponden al ábside y en ellas se puede ver a los apóstoles Judas Tadeo y Santiago vestidos según la tradición romana.

En el siglo XIV se alargó la nave y se construyó un nuevo claustro gótico en sustitución del original románico. La fachada actual tiene tres puertas con dovelas. La central está en un nivel ligeramente más bajo para permitir el acceso al piso inferior del templo.

Conocida como Santa Maria la Vieja, el piso inferior de la iglesia presenta también una planta bastante original, que recuerda fuerza a los edificios prerrománicos, aun cuando fue construida en llena época románica. Tiene tres naves separadas totalmente entre ellas. La nave central tiene mayores dimensiones y actualmente la podemos dividir en cuatro partes. La primera ha perdido la cubierta, pero todavía son visibles los puntos dónde se iniciaba la vuelta de cañón que la cubría y las columnas que decoraban sus paredes. La segunda parte tiene las mismas características que la primera, si bien se ha mantenido en pie la cubierta de vuelta de cañón. En la tercera parte se modificaba la estructura de la nave, siguiendo el criterio de las criptas románicas catalanas de la época cómo puede ser la de Sant Vicenç de Cardona, en la que el espacio se dividía en tres sectores a través de unas columnas, de las cuales arrancaban los arcos que sustentaban las vueltas de arista. El último tramo coincide con el ábside principal del templo superior y estaba iluminado por tres ventanas en forma de saetera.

A cada lado de la nave, tal y como también sucede en el piso superior, encontramos una puerta que comunica con la cabecera de las naves laterales. Estas cabeceras están separadas de las naves a través de un arco de medio punto. Se trata de un recinto de reducidas dimensiones dónde la bóveda de cañón arranca prácticamente desde el nivel del suelo.