Las primeras noticias que tenemos del lugar de Canillo corresponden a la acta de consagración de Santa Maria de la Seu d'Urgell . La iglesia se menciona por primer vez el 20 de enero del año 1092, en el testamento de Miró Bonfill de Canillo .

Del templo románico no queda prácticamente nada, sólo algunos pequeños fragmentos de muro en el sector este. El templo actual es del siglo XVII y tiene el campanario más alto de todo el principado de Andorra, con veintisiete metros de altura. En 1980 se encontraron en el interior del campanario una base y dos fragmentos de fuste de columna de época románica. Se desconoce su ubicación original, si bien es de suponer que formaban parte de alguna ventana del campanario.

En la puerta del templo encontramos la pila bautismal románica, de mitad del siglo XII, hoy convertida en fuente. Tiene sesenta cinco centímetros de diámetro interior y ochenta cinco de exterior. Es lisa a excepción de cuatro agujeros, seguramente pertenecían al cerrojo.