Nos encontramos ante un templo románico tardío  que, a pesar de haber sufrido reformas posteriores, mantiene buena parte de la fábrica del siglo XIII.

Tiene planta rectangular y un ábside semicircular, con dos naves separadas por arcos de medio punto. La nave central tiene bóveda de cañón apuntada reforzada con arcos fajones y la lateral está cubierta con media bóveda de cañón, también reforzada con dos arcos fajones.

En la parte sur hay un atrio al que se accede por un arco apuntado. Está formado por dos arquivoltas, una de baquetón y la otra presenta una escocia cóncava, rodeada de una fina hilera de puntas de diamante. Ambas arquivoltas se apoyan impostas con la misma decoración.

Las columnas tienen unos acabados que simulan capiteles, con dibujos geométricos grabados.

Una vez dentro del atrio, encontramos otra puerta apuntada, si bien incompleta. Es la que permite el acceso al templo. Su estructura es muy parecida a la descrita anteriormente.  Seguramente tenía cinco arquivoltas, tres de ellas destruidas, posiblemente para poder construir el atrio.

En los laterales de la puerta hay dibujos de color rojizo, del mismo estilo que los de l ’interior, algunos casi ilegibles.

Un de ellos nos reencuentra con las Órdenes Militares porque se aprecia claramente que es la Cruz de Santiago.

Pero sin duda, la principal atracción de este templo, son las pinturas murales que decoran su ábside y la bóveda del presbiterio.

Fueron descubiertas en 1982 gracias al su rector, el padre Juan José Lecuona, que sospechaba que debajo varías capas de cal, había algo más, como ya ha ocurrido otras veces.

En el ábside había instalado un retablo barroco, del cual se retiró algún tablón y se pudo observar que, efectivamente había pinturas debajo .

Por este motivo se retiró todo el retablo y aparecieron unas interesantísimas pinturas bajo-medievales, que han provocado numerosas discusiones y controversias debido a su contenido y ejecución.  De hecho, hoy en día todavía se continúan investigando, debido a su temática y ejecución.

La primera impresión es caótica, pero si se observa con detenimiento y sin prisas, se descubre que todo mantiene un orden establecido. De todas formas, es inusual encontrar dentro de una iglesia unas escenas que no invitan al recogimiento.

Son monocromáticas, de un color rojizo oscuro y perfectamente conservadas. Presentan un inquietante desfile de personajes, animales y escenas,  que nos recuerdan el estilo naïf por su sencillez.

Llaman la atención los ojos del seres humanos, almendrados y con las cuencas vacías y dibujados como si llevaran un antifaz, detalle que ha llamado la atención incluso a personas interesadas en temas esotéricos.

Las pinturas de los ábsides están dispuestas horizontalmente, facilitando así su interpretación. Pese a esto, el hallazgo ha despertado  tanto interés, que actualmente existen varias formas de explicarlas, sin llegar a ningún acuerdo sobre cuál es la más adecuada, lo que las hace más enigmáticas y misteriosas.

Sus escenas bélicas y sexuales con personajes paganos se mezclan con las que nos hablan de la muerte y la devoción. Una teoría alrededor de su significado es que nos hablan de l’Apocalipsis, pero no hay suficientes elementos para afirmarlo.

Hay unas mujeres portando unas lámparas, que  han sido comparadas con la parábola de las Vírgenes Prudentes (Mt 25, 1-13).

Se ha hablado que algunas escenas pueden describir parte del Libro del Bestiario Medieval, representado por un árbol rodeado de animales dónde se alojan unos pájaros.

Hay quien las relaciona con el orden del Temple, porque da la sensación que las pinturas evoquen a las Órdenes Militares. Alaiza está próxima a una de las vías del Camino de Santiago y los Templarios, en aquella época, vigilaban los caminos para proteger a los peregrinos, que también están representados en las pinturas.

Lo que sí es cierto es que por la zona tuvo lugar el enfrentamiento de Pedro El Cruel con Enrique de Trastámara y posiblemente algún relevo de soldados se quedó en las cercanías de Alaiza y las pinturas fueran realizadas por ellos, representando la guerra y la paz.

Las escenas bélicas, de un gran realismo nos muestran a un caballero con corona real llevando un estandarte, lo cual es contradictorio porque el rey nunca llevaba el estandarte en las batallas.

Sorprende encontrar una escena dónde se representa la violación de una mujer por parte de un soldado, mientras otro intenta detenerlo. No sabemos cuál es su finalidad.

La escena central narra el ataque a una fortificación, que algunos estudiosos relacionan con la toma de Jerusalén, reforzando la teoría que las pinturas están dedicadas a las Órdenes Militares. Dentro del castillo hay personajes con todo tipo de armas de la época, incluso, uno de ellos está a punto de arrojar el contenido de un caldero. Existe una afinidad entre estas escenas y las que hay en el tapiz de Bayeux, en Francia.

Las imágenes de guerra son un verdadero inventario del armamento medieval.

Otra escena importante es el resultado de la guerra: la muerte. Está escenificada por unos personajes que transportan un cadáver con todo su séquito. Van hacia una iglesia, mientras el sacristán toca las campanas. Es una curiosidad más que en el tejado de dicha iglesia esté pintado un gallo.

Por encima de esta escena y cercana al ataque está entremezclado un centauro-sagitario.

También encontramos una hilera con un rebaño de ovejas y el lobo.

Todo está acompañado de cenefas, dibujos geométricos y falsos sillares en paralelo a las pinturas.

Bajo la bóveda hay una inscripción, incompleta, realizada con letras góticas minúsculas de color negro. Se ha podido descifrar:

...tum salutiferum gustandum dedit… mortis… tempore. erue … miseranter (?)… ut urat undique gehennA.

Que quiere decir:

(…o salutífero dio a gustar… en tiempo... de muerte. Libra… compasivamente… que abrase por todas partes el infierno.

La primera parte recuerda al texto que se reza en los Oficios del día de Corpus Christie, pero también en este caso, no hay una única teoría que nos hable de su significado.

Hay quien relaciona el texto con las pinturas defendiendo la hipótesis de un exvoto en agradecimiento por haber salvado la vida en la batalla.

Por lo tanto, queda mucho por descifrar e interpretar en los murales de la iglesia de Alaiza.

Dentro del el templo también encontramos la pila bautismal, que todavía conserva parte de la policromía de la época.

Durante las diferentes modificaciones que ha sufrido el templo, se añadieron varios elementos a la fábrica románica original. Uno de los más destacados se encuentra en la parte oeste, dónde hay una ventana geminada con arcos de medio punto sin ninguna decoración. Algo más arriba observamos una ventana románica y de un solo derrame.

También fue añadido posteriormente el campanario de espadaña, de dos pisos. Presenta dos ventanas apuntadas en la parte inferior y una de más pequeña en la parte superior.