Es una de las obras claves de las reformas hechas por el abad Oliba. Seguramente fue construida inspirándose en la cripta de Santa María Mayor de Roma, donde se guardaban las reliquias del Pesebre, traídas de Bizancio en el siglo VII. Desafortunadamente, o afortunadamente, es la parte mejor conservada de las obras realizadas por Oliba.

Se construyó aprovechando la pendiente natural del terreno. Estaba dedicada a la Natividad, donde se veneraban las reliquias del Pesebre traídas de Roma por el abad Garí. Encima se construyó el santuario de la Santísima Trinidad . Esta disposición no es casual, sino que el abad Oliba quería simbolizar el estrecho vínculo existente entre el momento de la Natividad y el triunfo del Dios trinitario, que es una y tres personas a la vez.

Este templo está formado por dos naves laterales, de planta rectangular y cubierta de bóveda de cañón, que se presentan como una proyección de las naves laterales del templo de Sant Miquel, aunque a un nivel inferior. Estaban dedicadas a los arcángeles San Gabriel, la del lado norte y San Rafael, la nave sur. Sus altares estaban en el extremo de poniente.

Estas dos naves están comunicadas entre sí por tres naves transversales, cubiertas con bóvedas de cañón, reforzadas por arcos fajones, que se apoyan en pilares cruciformes.

La nave de poniente es más pequeña y su forma es irregular por la presencia de la capilla de la Virgen.

En los extremos norte y sur de la nave central transversal, se abren dos puertas de medio punto.

Desde la nave de San Gabriel y mediante una pequeña puerta hecha con un dintel bajo un arco de descarga, se accede al santuario de la Virgen María. En este recinto se conservaban las reliquias del Pesebre y las de los mártires Valentín y Flamidià, así como las del confesor Nazarino. Todas ellas estaban situadas a los pies de la Virgen.

Por suerte, la talla de la Virgen se salvó de ser quemada durante la Revolución Francesa. La tradición dice que una mujer de Cornellà de Conflent, al ver que la iban a tirar al fuego gritó "Ay, la Virgen !!!" y entonces los hombres no quemaron la imagen y la dieron a la mujer. La imagen fue encontrada a mediados del siglo XX en la iglesia de Cornellà de Conflent, detrás de tres rejas de hierro. Tras ser restaurada, se volvió a colocar en la cripta del Pesebre.

La imagen está situada en el pequeño ábside semicircular, que se abre a levante del santuario.

Este santuario tiene planta circular con un pilar central, robusto, cilíndrico y hecho con mampostería. El pilar se une al muro lateral mediante una bóveda de cañón anular.

Una pequeña puerta, situada a poniente, comunica la cripta con una galería transversal, dispuesta bajo las escaleras del Santuario de la Trinidad .