El lugar donde se levantaba la iglesia de Santa Margarita ya estaba ocupado en la antigüedad, tal y como lo demuestran los numerosos hallazgos arqueológicos obtenidos durante las diferentes campañas de excavación realizadas.

Ya en época romana se tiene constancia del paso de la Vía Augusta por este lugar, gracias a los dos fragmentos de un miliario romano de la época del emperador Majencio, datado entre los años 350 y 353, encontrados en las excavaciones realizadas durante la década de los setenta del pasado siglo.

Junto al muro norte, protegidos por telas y a la espera de ser estudiados con más detalle, los restos de una necrópolis de los siglos VI y VIII.

También en este lugar se levantaba una basílica visigótica en el siglo VII. Sobre ella se edificó el actual templo en la segunda mitad del siglo XII. Era la parroquia del cercano monasterio de Sant Genís , y se construyó a su imagen y semejanza.

La primera noticia documentada que nos ha llegado de esta iglesia la encontramos en el año 1143. Posteriormente, en 1448 sufrió los efectos de un terremoto, que hundió su bóveda.

No fue hasta el siglo XVI que se decide reconstruir el templo, pero sólo de forma parcial. Tan sólo se restauran los dos tramos más orientales y se dejan los otros dos como patio previo al templo. Se aprovechan los arcos formeros que no se habían derrumbado con el terremoto, para abrirlos con el objetivo de favorecer el efecto de patio.

El templo románico se construyó con planta rectangular acabada en un ábside recto. En la bóveda se conservan restos pictóricos de factura posterior. En los muros laterales se abrieron dos arcosolios, formados por un arco de medio punto.

La única nave estaba cubierta con bóveda de cañón ligeramente apuntada y reforzada por arcos fajones.

En el ábside se abre una ventana de medio punto abocinada.

En el intradós del arco, tanto en la parte exterior como en la interior, encontramos unos motivos circulares esculpidos. Se trata de unos discos solares, reaprovechados del templo visigodo.

Como ya hemos comentado, desde la segunda mitad del siglo pasado, se están llevando a cabo tareas de excavación, que han permitido descubrir diferentes dependencias que rodeaban el templo, así como los cimientos de la iglesia anterior.

En la cabecera del templo románico podemos ver el muro que limitaba al este la cabecera visigoda. Era plana por el exterior y dividida en tres capillas por la parte interior. La central tenía forma de arco de herradura, mientras que las laterales eran rectangulares. Una vez finalizadas las tareas de excavación se protegieron los muros con telas y se rellenó la nave del templo con grava, que no ha impedido que actualmente esté llena de malas hierbas que ocultan los rastros del ábside central prerrománico.

La puerta de acceso la encontramos en el muro oeste. Está formada por dos arcos de medio punto adovelados, sin tímpano y dintel.

Por encima del nivel de la puerta se abren dos ventanas de medio punto. Corona la fachada una ventana en forma de cruz griega.

Al sur de la iglesia, en el espacio que se ha estado excavando en los últimos años, se han encontrado varios enterramientos.