Como los otros templos de la zona, aparece citado en la presunta acta de consagración de la catedral de la Seu d'Urgell del 819. No está clara la autenticidad de este documento, por lo que no se tiene la certeza de que ya existiera un templo en el siglo IX.

Si sabemos que el lugar de Isil era propiedad del conde Ramon IV de Pallars Jussà en 1064, cuando lo cedió a su primo Artau I del Pallars Sobirà, con lo que tuvieron constantes enfrentamientos. Probablemente fruto de estos enfrentamientos, la cesión no se hizo definitiva hasta el 1094 aproximadamente.

La iglesia de Sant Joan estaba integrada dentro del decanato del Valle de Àneu, motivo por el que disponía de un estatus especial pues, aparte de ser la parroquia de Isil, era un priorato de la orden de San Juan de Jerusalén.

El templo tiene la particularidad de tener la cabecera justo al lado del cauce de la Noguera Pallaresa. Los cimientos de los tres ábsides semicirculares están en contacto con el agua de este río, lo que hace aún más bello este templo.

Tiene una planta de tipo basilical con tres naves.

La nave central es más alta que las dos laterales y está cubierta con un envigado de madera moderno, excepto en el tramo más cercano al presbiterio, donde se conserva la bóveda de cañón.

Las naves laterales también estaban cubiertas con bóveda de cuarto de círculo, de las que todavía quedan algunos fragmentos y que estaban reforzadas por arcos torales que se apoyan en pilastras que hay en los muros norte y sur del templo.

Las bóvedas arrancaban de una imposta, que mantiene algunos fragmentos esculpidos.

Las naves están separadas por arcos formeros de medio punto que se apoyan en pilares rectangulares. Estos tienen columnas adosadas, que sustentan los arcos torales de la nave central donde se apoya el envigado.

Las naves están acabadas en tres ábsides semicirculares. En el central se abren tres ventanas de medio punto y abocinadas, mientras que en los laterales sólo se abre una.

Están precedidos por un doble arco presbiterial, que es apuntado en la nave central y de medio punto en las laterales.

Exteriormente están decorados siguiendo la tendencia lombarda con lesenas y arcos ciegos.

En el muro sur encontramos la portada de finales del siglo XII o inicios del XIII.

Es muy similar a la que podemos encontrar en las iglesias de San Lliser de Alós de Isil y Sant Llorenç de Isavarre .

Está formada por tres arquivoltas de medio punto. La central está decorada con rosetas circunscritas y cilindros.

Protege las arquivoltas un guardapolvo esculpido con un motivo similar al del tablero de ajedrez por la parte exterior y con flores circunscritas por la interior.

Las arquivoltas se apoyan en columnas lisas con los capiteles esculpidos con cabezas humanas y de animales, que hacen referencia a vicios.

En el capitel más exterior del lado izquierdo vemos un rostro de trazos muy simples con una larga cabellera. En el capitel central hay dos aves de cuello largo afrontadas. El último capitel tiene esculpido un personaje humano, que parece estar atado por una correa.

En el lado derecho vemos un capitel similar a su opuesto pero con su cara más aburrida. En el capitel del medio hay un animal, seguramente un reptil. El último capitel está un poco deteriorado, aunque parece que había esculpidas dos aves como las del capitel central del lado izquierdo.

Bajo el tejado podemos ver un friso de grandes arcos ciegos terminados en ménsulas decoradas con unas cabezas humanas, de animales y otros motivos esculpidos.

Los arcos también están decorados con un ajedrezado.

Por encima suyo podemos encontrar un friso con figuras esculpidas. Podemos ver cabezas humanas, reptiles, peces, frutos, rosetas circunscritas, cabezas humanas de los que salen unas ramas y figuras humanas.

En los ángulos del templo se levantaron unos torreones, de los que sólo se conservan sus bases.

Algunos de ellos se apoyan en ménsulas esculpidas que fueron reutilizadas.

A la altura de la puerta se interrumpen los arcos ciegos y el friso que hay justo encima. En su lugar encontramos dos losas sepulcrales del siglo XII, donde se pueden ver a dos parejas de figuras humanas cogidas por el brazo y que fueron ser colocadas en este muro posteriormente.

En este mismo muro podemos encontrar dos ventanas apuntadas y con tracería gótica. Corresponden a unas ventanas ya existentes, que en unas reformas del siglo XIV, se aumentaron sus dimensiones y se adaptaron a los gustos estéticos de la época.

En la parte superior de las ventanas, vemos reutilizadas unas ménsulas esculpidas con una cara humana.

También en época gótica se decoró el interior del ojo de buey que se abre en lo alto del ábside principal. En el caso de los laterales, estos fueron cegados.

Corona el muro oeste un campanario de espadaña de un solo ojo, debajo del cual hay una ventana de medio punto y doble derrame.

Cerca del templo, pero ya dentro del núcleo urbano, podemos encontrar un pequeño puente medieval que cruza la Noguera Pallaresa. Está formado por un único ojo de medio punto y tiene doble vertiente.