En el año 1045 ya encontramos documentada una iglesia dedicada a Santo Tomás de Puig- oriol. Este templo fue reedificado y consagrado en presencia del obispo Berenguer Sunifred en el año 1095. La iglesia fue consagrada bajo la regla de san Agustín, siendo su prior Joan de Lledó, que procedía de  Santa Maria de Vilabertran y que había participado activamente en la fundación de la canónica de Santa Maria de Lladó. Por este motivo  puso el nuevo cenobio bajo la protección de la canónica. Esta dependencia convirtió a Santo Tomás en una prepositura, es decir un monasterio dependiente de un priorato o una canónica.

Hasta finales del siglo XIV, el monasterio estuvo bajo la protección de los señores de Riudeperes. En extinguirse esta nissaga, la familia Alta-Orilla se convirtió en una de las benefactoras más importantes del cenobio. A principios del siglo XV, algunas partes del monasterio estaban muy deterioradas y esto provocó la intervención del obispo de Vic, que aprovechó para poner Santo Tomás bajo la tutela administrativa de la catedral de Vic. Esta dependencia fue motivo de tensiones entre el obispado de Vic y la canónica de Lladó hecho que agravó el abandono del monasterio.

En 1560 se reedificó el claustro, por orden del obispo de Barcelona, Jaume Caçador, que había sucedido a su hermano Guillem en la dirección de la prepositura. También modificó el templo y se restauraron las dependencias monacales, para alojar una comunidad franciscana.

Los frailes menores se trasladaron a la iglesia del Remedio de Vic a principios del siglo XX, abandonando Santo Tomás, que en 1901 fue comprado por los padres camilos. En 1914, fue restaurado en estilo modernista. Años más tarde, en 1970 lo vendieron a una asociación benéfica, dedicada a cuidado y asistencia de personas con discapacidad intelectual. 

Del edificio románico sólo se han conservado algunas partes de la iglesia. Tenía planta de cruz latina, con tres ábsides y cimborio sobre el crucero. 

Es necesario entrar a la iglesia para poder ver claramente la impronta románica. El muro norte fue totalmente perforado para abrir capillas laterales. También fue totalmente reformada la cabecera, de la que se han perdido los ábsides laterales. Todavía se conserva el central, de forma semicircular y precedido por un corto presbiterio, pero oculto por el exterior. 

La nave está cubierta con bóveda de cañón, que se interrumpe al llegar al crucero, donde se levanta una cúpula ovalada sobre trompas. Exteriormente el cimborrio tiene planta octogonal y es de muy sencilla factura.

El arco toral que se conserva, y que se encuentra en la unión entre el crucero y la nave, tiene las impostas decoradas con motivos geométricos.

La actual puerta de acceso se construyó en el mismo lugar dónde estaba la románica, de la que todavía se puede ver el perfil del arco de medio punto.