Era la capilla de un hospital, concretamente una leprosería, del cual tenemos noticias desde el siglo XII, conocido con el nombre de Santa Maria dels Malalts. Fue construida entre los años 1141 y 1171 por el obispo Guillem de Tarroja, para alejar a los leprosos de la ciudad. Posteriormente se cambió el nombre por el de Santa Margarita dels Mesells y actualmente se conoce como Sant Llàtzer. Estos cambios de nombre vinieron propiciados por la creación de nuevos altares dedicados a estos santos.

En el año 1401 se unificaron todos los servicios hospitalarios de Barcelona en el Hospital de la Santa Creu, pero la leproseria y la capilla continuaron funcionando. Parece que hasta el siglo XVIII la estructura de la iglesia se mantuvo bastante intacta. Fue en este siglo que se hizo una gran reforma y en el siglo XIX se demolió el atrio del hospital y se suprimió el cementerio para crear la actual plaza del Pedró. 

La iglesia tiene una única nave acabada en un ábside semicircular. Exteriormente está decorado por un friso de dientes de sierra, arcos ciegos que descansan en ménsulas decoradas y lesenas. 

En la parte central del ábside se abre una ventana de medio punto abocinada por la parte interior. Está decorada con una arquivolta apoyada en dos columnas y capiteles esculpidos. Por la parte interior se repite la misma decoración.

La bóveda de la nave y una capilla lateral son de construcción moderna. 

En uno de los muros podemos encontrar el marco de una antigua ventana rectangular. Hoy en día está cegada, pero originariamente tenía barrotes de hierro. Era utilizada por los leprosos del hospital para poder escuchar la misa desde el otro lado.

La fachada está parcialmente reconstruida, al desaparecer los edificios anexos al templo. Podemos ver una sencilla puerta con arco de medio punto y un campanario de espadaña de dos ojos.

En 1906 se trasladó la leprosería a Horta y la capilla quedó en desuso, hasta que se cedió su uso a las Carmelitas de la Antigua Observancia. El año 1913 el templo se convirtió en almacén y posteriormente en un estanco. Quedó abandonado durante unos años hasta que en el año 1954 se reformaron el ábside y la fachada. De nuevo quedó abandonada hasta el año 1977, en que se recuperó para usos sociales. En los últimos años se han demolido algunos edificios adyacentes que ocultaban parte del edificio y se ha restaurado.