Nos encontramos delante de un edificio prerrománico, que mantiene la estructura del siglo VI.

Durante muchos años se ha creído que se trataba de un baptisterio, separado de la catedral, debido a su particular arquitectura. El descubrimiento de una piscina bautismal en el interior del templo de santa Maria y de las tumbas que rodean a Sant Miquel, han hecho variar las hipótesis alrededor de la función que desarrollaba esta iglesia dentro del conjunto episcopal. Se trata de un edificio de carácter funerario, que exteriormente presenta planta cuadrada con una cruz griega inscrita en su interior. Rodeaba el edificio una galería porticada, en el interior de la cual hay numerosas tumbas excavadas en el suelo.

En el muro este podemos encontrar un ábside poligonal por el exterior, mientras que al interior tiene forma de herradura.

En él podemos encontrar tres ventanas de derrame simple y con un arco de medio punto en su parte interior.

El ábside está decorado con pinturas murales, del siglo VI, que guardan una estrecha relación con las que también se pueden ver a la iglesia de Santa Maria. Están dispuestas en dos registros. En el cuarto de esfera se encuentra el primero y su estado de conservación es muy deficiente.

Por los restos que se pueden identificar, parece ser que había un Cristo en majestad, rodeado por cuatro ángeles. A su lado el Sol y la Luna.

En la parte inferior podemos ver con más claridad algunas figuras de los doce apóstoles y del profeta Ezequiel. En el centro podemos ver unos círculos concéntricos, en el interior de los cuales hay un crismón rojo.

Pero sin duda el elemento que más destaca de todo el edificio son las ocho columnas que rodean el espacio central. Durante muchos años en este espacio había habido una piscina bautismal, pero en las últimas obras de restauración se ha eliminado, tal y como se puede ver en la siguiente comparativa de imágenes. Tras los estudios realizados con motivo de estas obras, se llegó a la conclusión que  el elemento había sido añadido posteriormente y que alteraba la función inicial del templo.

El recinto delimitado por las columnas es el de mayor aLtura de todo el edificio y está cubierto por una cúpula.

Las columnas están compuestas por basa, fuste y capitel y parece claro que fueron reaprovechadas de otras estructuras que hubo en la zona anteriormente.

De hecho, algunos fustes no coinciden con la anchura de los capiteles. Estos presentan decoración vegetal y están datados entre el siglo VII y el IX, excepto los de los ángulos que hay en frente del altar, que serian de época romana.

Las columnas de los extremos son más anchas que las que se encuentran en las partes interiores.

Bajo el ábside, que está ligeramente elevado respecto al resto del edificio, podemos encontrar una cripta trilobulada.

Se accede a ella por el lado nordeste, mediante una escalera y un pequeño pasillo.

La capilla central tiene un pequeño altar dedicado a Sant Celoni.

El edificio tiene tres puertas de acceso, pese a que dos estuvieron tapiadas durante muchos años (en el muro norte y en el oeste). Estas dos eran las puertas originales y están construidas con sillares de época romana reaprovechados. Se encuentran en un nivel superior respecto al pavimento del interior del templo.

La otra puerta, situada en el muro sur y por dónde se accede a la iglesia en la actualidad, es del siglo XVII y está formada por un gran arco dovelado.