No encontramos ninguna noticia del templo hasta el año 1292, cuando aparece en un documento testamentario.

Algunas fuentes afirman que sus orígenes son prerrománicos, pero al tratarse de una propiedad privada y debido a que sus muros están totalmente rebozados, no se puede confirmar o desmentir esta teoría. La advocación a Sant Iscle y Santa Victòria era muy habitual en época visigótica, lo que avalaría la antigüedad del templo. Otro argumento es la irregularidad de su planta.

En 1226 encontramos un documento en que se hace referencia a una iglesia en la "Villa Vieja" y otra "iglesia nueva". Según Mossèn Vallicrosa la iglesia nueva corresponde a la parroquial de Santa María de Llerona , mientras que la edificación más antigua se correspondería con la iglesia de Sant Iscle y Santa Victoria.

A la primitiva estructura se le añadió un ábside semicircular en el siglo XI.

A pesar de las reformas posteriores, todavia mantiene la estructura románica.