El claustro es del siglo XII y se construyó sobre uno anterior, que estaba formado por arcos apoyados en pilares rectangulares. Hacia el año 1190 llegó un taller de escultores procedentes de la catedral de Girona, el claustro de la cual se inició hacia el 1180. Es por eso que ambos guardan muchas similitud en cuanto a los motivos esculpidos en sus capiteles.

Tiene planta cuadrada. Cada galería consta de quince arcos sustentados en doce parejas de columnas y pilares en los extremos y cada cinco arcos.

Los muros exteriores están recorridos por un friso de arcos ciegos con ménsulas decoradas con cabezas de animales.

Este friso nos recuerda mucho al que podemos encontrar en San Pedro de Galligants de Girona. El piso superior se construyó en el siglo XVI y el friso en el que se sustentaba el tejado, quedó como un elemento meramente decorativo.

Las galerías norte, este y oeste fueron esculpidas en una primera fase, mientras que la galería sur corresponde a un segundo momento constructivo. Los capiteles están esculpidos con piedra de Montjuïc (Barcelona), mientras que las columnas son hechas con piedra de Girona. Los motivos con que están decorados son vegetales, animales e historias bíblicas.

En la galería oeste podemos encontrar algunos personajes luchando entre ellos o contra animales fantásticos. También aparecen representadas tareas domésticas de la época, así como la parábola del pobre Lázaro y el rico Epulón.

En el lado este se encuentra el ciclo de la infancia de Jesús. También se pueden ver imágenes de guerreros armados y de juglares. Por su parte en la galería norte también aparecen imágenes de lucha entre hombres y animales, de caza, o de la vida cotidiana monacal.

En este primer tramo de construcción del claustro trabajó el maestro Arnau Cadell. Esto lo sabemos gracias a que esculpió su nombre en uno de los pilares y se retrató en un capitel. Podemos ver un escultor realizando un capitel corintio y a su lado un segundo personaje con vestimenta monacal y una copa. Ninguno de los dos ha conserva la cabeza.

También podemos ver un capitel con unos caballeros que llevan escudo. En uno de ellos se grabó la figura de un perro, que mucha gente interpreta como un gesto del escultor para hacer homenaje a su apellido (Arnau Cadell).

El ala sur del claustro se construyó un poco más tarde y es donde podemos encontrar el mayor número de capiteles historiados. Nos narran historias bíblicas como la de Daniel luchando con los leones, el ciclo de Adán y Eva, el de Noé y el de Abraham. También podemos ver la matanza de los inocentes, la huida a Egipto, la multiplicación de los panes y los peces, la entrada en Jerusalén, la resurrección de Cristo, el bautismo de los apóstoles o la duda de Santo Tomás, entre otros.

En el muro norte encontramos los restos de las construcciones monásticas del siglo XI. Se trata de ocho ventanas de medio punto y de doble derrame, en las que aún se pueden ver las huellas del encofrado de encañizado los arcos. Algunas de ellas conservaban partes de la celosía de yeso con que estaban cerradas y que sirvieron de modelo para reproducirlas en todas las ventanas. Se cree que la estancia que iluminan estas ventanas era el antiguo refectorio del siglo XI. Algunas fuentes afirman que este muro ya formaba parte de las construcciones del siglo IX.

En el lado opuesto encontramos la puerta que comunica el claustro con la iglesia .

Fue construida en el siglo XIII, para sustituir una anterior, más sencilla. La finura de su trabajo denota el momento final del románico y la llegada del gótico. Mantiene la estructura románica con arcos de medio punto en gradación, apoyados en dos pares de columnas y pilastras.

Los arcos que se apoyan en capiteles están decorados con motivos vegetales, de clara influencia gótica. El resto de arcos están decorados en pequeñas incisiones a modo de bocel. Los capiteles, el ábaco y el guardapolvo están decorados también con motivos vegetales.

En el ala de levante encontramos la antigua sala capitular. Fue construida en el siglo XIII, ya en estilo gótico.

En el siglo XVIII fue reconvertida en la capilla del Santísimo.

Está formada por una sala cuadrada, cubierta con una bóveda de aristas apoyada en cuatro ménsulas.

En el muro este se abre un pequeño ábside cuadrado, cubierto con una bóveda de crucería simple.

Se accede a ella por una puerta de medio punto, decorada con una arquivolta apoyada en dos columnas por ambos lados. Sus capiteles son de tipo vegetal.

Flanquean la puerta, dos ventanas apuntadas con decoración gótica.

En la segunda mitad del siglo XVI se construyó la segunda planta del claustro.

Las nuevas galerías están formadas por arcos de medio punto, apoyados en columnas simples y muy esbeltas y de influencia italiana. Durante muchos años, en este espacio se alojó el servicio de restauración de bienes e inmuebles de la Generalidad de Cataluña, de ahí que las galerías fueron cerradas con vidrieras.

Debido a la construcción de este segundo piso, las ventanas del muro norte de la iglesia quedaron integradas en la galería del claustro, perdiendo así gran parte de su capacidad de iluminar el templo.