L'església de Santa Maria es va començar a construir entre el 1057 i el 1060 per ordre dels comtes Ramon V de Pallars Jussà i Valença, filla d'Arnau Mir de Tost. Es va construir en el costat oposat del cim on es troba el castell de Mur. Algunes fonts afirmen que es va construir sobre l'antiga capella del castell, tot i que no s'ha trobat cap constància documental que confirmi l'existència d'aquesta primitiva capella.

El bisbe d'Urgell, Guillem, va consagrar l'església en honor de Nostre Senyor Jesucrist, la Mare de Déu, sant Pere apòstol i sant Esteve, el 12 de gener de 1069. Els comtes van dotar a l'església amb nombrosos bens i un luxós mobiliari litúrgic, doncs la seva intenció era convertir-la en el seu panteó familiar. Per això van instaurar una comunitat canonical, ratificada pel papa Urbà II  en 1099. En la butlla papal s'establia que la comunitat agustiniana era independent del bisbe d'Urgell i es trobava sota la jurisdicció directa de la Santa Seu. Aquest fet va dotar de privilegis especials al paborde de Mur, que tenia dret a assistir als concilis tarragonins, per exemple.

En la primera meitat del segle XII, instigat per l'abat del monestir de Bellpuig de les Avellanes, va haver un intent de convertir la canònica agustiniana en una comunitat premostratenca. L'oposició dels canonges de Mur va fer fracassar aquesta iniciativa, doncs van demanar ajuda al papa Gregori IX, el qual reafirmà la vinculació directa de Mur amb la Santa Seu.

En 1592, el papa Climent VIII va ordenar la secularització de les canòniques regulars i la de Mur passà a ser una col·legiata secular, amb els drets i possessions que tenia l'antiga canònica. Aquest canvi va ser aprofitat pel bisbe d'Urgell, que intentà posar la col·legiata sota el seu control. Una sentència del tribunal de la Rota de l'any 1600 va establir que el paborde de Mur seguia tenint el domini dels territoris de Mur.

Aquesta situació es va mantenir fins que en 1873 es va abolir la jurisdicció exempta de Mur i l'església passava a ser una simple parròquia rural, dependent del bisbat d'Urgell. A partir d'aquest moment s'abandonen les estances de la canònica i comença la seva decadència.

El moment de màxima penúria el trobem en l'any 1915, quan un grup de tècnics italians van arrencar les pintures murals de l'absis central, aprofitant la soledat de l'indret. Aquestes foren traslladades als Estats Units, on actualment s'exposen en el Museum of Fines Arts de Boston.  Aquest fet va provocar la reacció de la Junta de Museus, que va començar a arrencar les mostres de pintura mural de les esglésies de la zona per evitar la seva marxa fora del país i conservar-les en un museu a Barcelona. De Mur es van extreure les pintures de l'absis sud i actualment es conserven en el Museu Nacional d'Art de Catalunya. La declaració de Monument Nacional de l'any 1920 va arribar massa tard...

Entre el 1932 i 1935 éls Amics de l'Art Vell van restaurar el castell i el claustre. Malauradament, a l'inici de la Guerra Civil el temple va ser saquejat i destruïdes les seves imatges, entre les que es trobava una talla d'un Crist Crucificat del segle XII, realitzada pel taller d'Erill. Només es conserva una fotografia feta l'any 1920 i que es conserva en l'arxiu Albert Bastardes.

Basant-se en aquesta fotografia es va realitzar la reproducció que es conserva avui en el temple.

A partir de finals del segle XIX, primer gràcies a l'empenta de la Societat d'Amics de la Muntanya de Tremp i després a càrrec del Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya, es procedeix a restaurar i per treballs arqueològics en la canònica. Els fruits d'aquestes accions i les que s'han portat a terme darrerament, permeten al visitant accedir a l'església i al claustre i així imaginar-se l'esplendor que va tenir en el passat aquest bell indret. 

L'església era un edifici de planta basilical amb tres naus.

La nau nord es va ensorrar ben aviat. En el seu lloc es van construir tres capelles gòtiques.

En la clau de volta de la capella més propera al presbiteri podem trobar l'escut de la família Mur.

Les altres dues naus estan capçades a l'est per absis semicirculars. Tres finestres de mig punt i doble esqueixada il·luminen l'interior de l'absis principal, mentre que en el del costat sud només n'hi ha una.

Externament estan decorats seguint el model llombard, amb arcs cecs, agrupats de tres en tres i separats per lesenes.

Interiorment els absis estaven decorats, fins principis del segle XX, amb unes interessants pintures murals. Com ja hem comentat, les de l'absis central van ser arrencades i traslladades a Boston.

Actualment podem tornar a veure l'absis decorat, si bé és tracta d'una reproducció de les pintures originals, feta amb una fotografia de gran resolució, col·locada sobre un suport sobreposat a l'absis original. S'ha fet d'aquesta manera i no directament en el mur, per no malmetre les restes de les pintures que encara quedaven en el tambor i la volta absidal.

Destaca el seu gran Pantocràtor dins la mandorla, beneint amb la mà dreta i agafant un llibre amb la mà esquerra, on es llegeix "EGO SUM VIA, VERITAS ET VITA NEMO VENIT AD PATREM NISI PE ME" . Dins la mandorla, envoltant al Senyor, trobem nou estrelles. Acaben d'omplir la volta absidal les figures del Tetramorf.

Una sanefa ornamental separa el nivell celestial del terrenal. En aquest segon nivell veiem als apòstols distribuïts en els espais que hi ha entre les finestres. No tenen la rigidesa d'altres representacions d'aquest tipus i fins i tot en alguns casos sembla que estiguin parlant entre ells. Al voltant de la finestra central trobem a Sant Pere i a Sant Pau.

Són especialment interessants les imatges que trobem en l'interior dels arcs descrits per les finestres. En el central i en el del costat sud sembla que es van representar escenes de la vida de Caïm i Abel. En la finestra central es representa als dos germans fent les seves ofrenes a Déu, mentre que en la del costat sud veiem l'escena del fratricidi i com la mà de Déu recrimina aquest fet. En la finestra del costat de l'Evangeli dos atlants sostenen la volta del Cel.

El registre inferior no es gens habitual en la pintura romànica catalana, per que no s'han representat cortinatges o motius geomètrics, si no que en el seu lloc trobem escenes de la infantessa de Jesús. Aquesta és la part més deteriorada del conjunt, ja que tota la resta configura una de les millors mostres pictòriques de la zona. Malgrat el deteriorament es poden distingir les escenes de la Visitació, la Nativitat i l'Anunci als pastors. Les altres dues escenes podrien correspondre a l'Anunciació i a l'Epifania.

En l'absis del costat dret també es conservaven pintures murals, fins que foren arrencades i en aquest cas traslladades al Museu Nacional d'Art de Catalunya, per evitar que també sortissin del país.

Malgrat aquest acte per salvar el patrimoni, el fet acaba sent el mateix i a l'església de Mur només es poden contemplar reproduccions de les obres originals.

L'estat de conservació és molt més deficient, per aquest motiu segurament no les van arrencar els italians que van espoliar les pintures de l'absis central. En la volta absidal s'hauria representat l'Ascensió de Crist als Cels. Novament trobem la imatge del Salvador dins una mandorla, en aquest cas acompanyat per dos àngels.

En el tambor absidal veiem a Maria i als Apòstols , dos dels quals ocupen la part interior de la finestra.

També hi ha pintures murals, però d'èpoques posteriors i en molt mal estat de conservació en les capelles laterals obertes en el mur sud i les parets d'aquesta nau.

Les naus estan cobertes amb voltes de canó, reforçades per arcs torals, que es recolzen en pilars cruciformes. La separació entre naus es realitza a través d'arcs formers de mig punt.

Tres finestres, situades en el mur oest, il·luminaven les naus. La del costat nord, en desaparèixer la nau, va ser cegada.

La central és la més interessant, doncs és de tipus geminat, amb un petit ull de bou a sobre.

Adossat a aquest mur del temple es troba el petit i acollidor claustre.

L'aspecte actual és el fruit de les diverses campanyes de restauració, iniciades l'any 1932. En aquella primera campanya, els Amics de l'Art Vell van tornar a obrir els arcs de les galeries est, oest i nord. No fou fins la dècada dels vuitanta que no es va acabar aquesta feina.

El claustre té planta rectangular, lleugerament asimètrica, de dimensions reduïdes, el que li confereix una sensació d'intimitat i serenor.

Malauradament les transformacions que va patir el claustre al llarg dels segles van malmetre considerablement gran part dels capitells. De fet els de la galeria sud han estat substituïts per capitells de factura moderna degut al seu mal estat de conservació.

En la galeria nord gran part dels capitells estan també molt erosionats i no podem ni tan sols endevinar amb quins motius estaven esculpits.

El que millor ha s'ha conservat és un que representa el cap d'un bou. En la resta de capitells s'intueixen alguns elements vegetals i animals. En un d'ells sembla haver-se representat a àligues.

El costat oest té els capitells en millor estat. Podem veure un capitell amb un cap barbat amb fulles d'acant a les cantonades. El següent capitell té esculpit un quadrúpede, potser un bé, en cadascun de les seves cares. A continuació hi ha un capitell vegetal. També veiem un àngel en cadascuna de les cares d'un capitell. Acaba la galeria amb un capitell on hi ha un personatge barbat, que està de genolls suportant el pes de l'arc.

També la galeria est conserva algun capitell mínimament identificable. Els capitells dels extrems són de tipus vegetal, mentre que en els centrals s'hi van esculpir motius animals i figures humanes.

En la base de la segona columna si ho mirem des del costat nord, trobem esculpida una flor de sis pètals circumscrita.

Acostar-se al conjunt monumental del castell i la canònica de Santa Maria és molt recomanable. Tots dos edificis són una clara mostra de la consolidació del romànic en les nostres contrades i del poder dels senyors feudals i de les comunitats religioses en aquella època. També són interessants les vistes que des del promontori es tenen de la zona i comprendre així el poder exercit pels dos edificis.

No voldríem acabar aquest escrit sense agrair les facilitats i el tracte rebut per part de la guia del recinte. És d'agrair arribar a aquest indret i trobar-se amb algú que et facilita tant la feina i que t'explica amb tanta passió la importància del lloc i el seu valor patrimonial.