Les primeres notícies que tenim del lloc de Canillo corresponen a l'acta de consagració de Santa Maria de la Seu d'Urgell. L'església s'esmenta per primer cop el 20 de gener de l'any 1092, en el testament de Miró Bonfill de Canillo.

Del temple romànic no en queda pràcticament res, només alguns petits fragments de mur en el sector de llevant. El temple actual és del segle XVII i té el campanar més alt de tot el principat d'Andorra amb vint-i-set metres d'alçada. En l'interior del campanar l'any 1980 es van trobar una base i dos fragments de fust de columna d'època romànica. Es desconeix la seva ubicació original, si bé és de suposar que formaven part d'alguna finestra del campanar.

A la porta del temple trobem la pila baptismal romànica, de meitat del segle XII, avui convertida en font. Té seixanta cinc centímetres de diàmetre interior i vuitanta cinc d'exterior. És llisa a excepció de quatre forats.