En els seus orígens estava dedicada a Sant Pere, tot i que tenia dos altars més dedicats a Sant Pau i a Sant Andreu, fins que l'any 1391 va passar a venerar-se a Sant Miquel.  Les primeres notícies que ens han arribat d'un temple en aquest indret daten de l'any 840. 

L'edifici consta d'una única nau amb creuer coronat amb tres absis.

La nau està coberta per un enbigat de fusta que es sustenta en tres arcs apuntats que es corresponen a una reforma feta en època gòtica. Aquesta coberta va restar oculta algun temps, ja que s'hi va construir una volta de canó just a sota, que fou retirada en les obres de restauració de finals del segle XX.

El transsepte, en canvi, està cobert amb volta de canó perpendicular a l'eix de la nau.

En els murs nord i sud trobem dues finestres geminades, típiques del segle XI, amb columna i capitell mensuliforme llis. La del costat nord sembla ser original, mentre que la del costat sud és totalment nova.  

En el mur oest del braç sud del transsepte  trobem una finestra d'aquestes característiques i origina, tot i que va ser cegada per la construcció del campanar i només és visible des de l'interior del temple.  

Els absis no tenen cap decoració interior, ja que originalment estaven pintats.

En el Museu Nacional d'Art de Catalunya es conserven les pintures de l'absis central.

En la part central de la volta, tot i que força deteriorat, trobem un Pantocràtor envoltat pels quatre evangelistes. Té la curiositat d'estar dret, en lloc d'estar assegut com és habitual.

En el nivell del mig, en l'espai que hi ha entre les finestres, trobem a Sant Andreu, Sant Pere, la Verge Maria, Sant Joan, Sant Pau i Sant Jaume. Tots ells estan dibuixats seguint traces bizantines. Les finestres estan decorades amb motius vegetals.

Exteriorment els absis estan decorats amb arcs cecs i lesenes, molt reconstruïdes.

La resta de l'edifici no té decoració. La porta i les finestres de la façana sud són fetes durant les obres de restauració realitzades entre el 1966 i 1977. En aquestes reformes es va restaurar en excés algunes parts del temple. A la façana nord hi ha una altra porta que comunica amb el claustre de la catedral. El campanar, de planta quadrada, es va construir amb posterioritat.

A l'altar podem trobar una ara que procedeix de la catedral de Santa Maria. Presenta una decoració amb lòbuls semicirculars i de ferradura, molt similar a la que podem trobar també a la catedral de Girona.

A banda i banda del presbiteri trobem dos capitells reaprofitats com a base d'unes tauletes.