El poblat s'esmenta per primera vegada el un document de l'any 988, en el que es reflexen uns intercanvis de terres que es van realitzar entre el comte Borrell i el bisbe Sal·la de la Seu d'Urgell. La següent notícia la trobem vuit anys més tard, quan apareix citat un castell en aquesta zona. Aquest va passar a formar part del vescomtat de Castellbó a partir de l'any 1253, dins el quarter d'Organyà. 

De l'antic nucli de població de Montanissell gairebé no queda res en peu.  

Entre la vegetació podem veure restes de murs d'alguns edificis, fets amb pedres sense treballar.

Es desconeix el per què el nucli de població es va traslladar cap a la plana, en un lloc equidistant amb l'església romànica de Sant Joan.

També es desconeix per què el temple que podem veure en el poblat també està dedicat a Sant Joan. Resulta curiós trobar dues esglésies dedicades al mateix sant i que totes dues es troben allunyades del nucli urbà.

El temple actual correspon a unes importants reformes fetes en els segles XVII i XVIII. També se li va canviar l'advocació i avui en dia està dedicada a la Mare de Déu de la Salut.