Nos encontramos delante de un templo en un estado de abandono lamentable. Se construyó en el siglo XVI en el barrio ocupado por antiguos pobladores de Yanguas, un pueblo situado al norte de la provincia de Soria. Inicialmente estaba dedicado a San Martín.

De la iglesia sólo se conserva la cabecera. Destaca su bóveda estrellada, característica del gótico tardío.

Desgraciadamente, del resto del templo no se conserva nada, pues el espacio dónde estaba la nave ahora lo ocupan una calle y parte de la escuela. Sus muros evidencian el abandono de este templo.

Debido al mal estado de conservación del templo, se trasladó hacia la basílica de los Milagros la talla de la Virgen del siglo XIV. Hasta el año 1527 era conocida con el nombre de Virgen de Yanguas, pues fue traída desde este pueblo, dónde según la tradición la encontró un pastor.

También fue trasladada a la basílica la pila bautismal románica. Mantiene muchas similitudes con la que se encuentra en la iglesia de Nuestra Señora de la Peña. Está decorada con dos niveles de arcos de medio punto. Los inferiores están entrecruzados, mientras que los del registro superior presentan los montantes muy sobresalidos.