Templo edificado a principios del siglo XII, fuera del recinto amurallado de la ciudad Originariamente estaba dedicado a Santa Lucia y a San Sebastián. Durante unas reformas que se hicieron en 1521 se encontró empotrado en un muro  un sepulcro con restos humanos y otros objetos. En la tapa figuraba la inscripción Santus Secundus, uno de los siete hombres que envió san Pedro a evangelizar la península Ibérica. Por este motivo se cambió el nombre de la iglesia, adoptando el de este santo. 

Tiene planta basilical de tres naves acabadas en tres ábsides semicirculares. La cabecera está ligeramente desviada respecto al eje de las naves. Algunos autores lo han atribuido a que simula la inclinación de la cabeza de Cristo en la Cruz. Otras tesis más verosímiles pueden ser alguna dificultad del terreno o la poca pericia del maestro de obra.

El ábside del lado norte quedó oculto por construcciones posteriores. Los otros dos son lisos, sin ninguna decoración.

El interior fue profundamente reformado en el siglo XVI, creándose los arcos formeros actuales y también se abrió un arco apuntado en los muros que comunican dos ábsides. También se dota al templo de una cubierta de madera.

De época románica nos ha llegado la cabecera y los muros perimetrales. Son especialmente interesantes los arcos triunfales. En sus capiteles podemos ver esculpidos motivos vegetales,  un león devorando un animal, un grifo enfrentado a hombres, una sirena y tres mujeres abrazadas.

La puerta del muro sur es la original románica. Está formada por cinco arquivoltas. Las impares están decoradas con motivos florales, mientras que las pares tienen forma de bocel. Estas se apoyan en dos pares de columnas, que tienen los capiteles esculpidos con parejas de animales enfrentados. La portalada ha perdido el guardapolvo.