La iglesia de San Pelayo es el único edificio que nos ha llegado del antiguo monasterio, fundado por la familia Saldaña en 1132. En 1168 pasó a ser regido por canónigos premostratenses, un orden creado casi cincuenta años antes como una reforma del orden de San Agustín, que vinieron de Retuerta.

El templo ha sufrido numerosas modificaciones, pero mantiene las tres naves con que fue construido, si bien se han modificado los arcos que las separaban. Actualmente cuatro pilares cilíndricos sirven de base de las bóvedas de crucería renacentistas con que se cubren las naves.

Las naves están rematadas por tres ábsides semicirculares, precedidos de unos amplios presbiterios. El central está cubierto con una bóveda de cañón, mientras que en los laterales está ligeramente apuntada.

El ábside central está decorado externamente con diferentes arcos ciegos, con una apariencia muy próxima al estilo mudéjar. Se desconoce si bajo  la actual capa de pintura nos podríamos encontrar una cabecera de este estilo. Tres de estos arcos, los de mayores dimensiones, eran originalmente las ventanas que iluminaban el presbiterio, pero con la construcción del retablo barroco quedaron cegadas. Encima suyo encontramos una hilera de ventanas, ciegas desde el su origen, de forma rectangular.

En el interior del presbiterio encontramos dos sepulcros, situados cada uno en uno de los muros laterales, que seguramente pertenecen a la familia Saldaña, fundadora del monasterio.

El arco triunfal se apoya en dos grandes capiteles, decorados con hojas de acanto. Los cimacios también tienen motivos vegetales esculpidos, básicamente palmetas, entre las que podemos ver dos fieras en el del lado norte. Todavía conservan algunos restos de policromía en sus rostros.

Los ábsides laterales son lisos y sólo tienen una ventana abocinada en su parte central. Posteriormente se practicaron nuevas ventanas, mucho más grandes, para dotar al templo de mayor luminosidad.

En el interior del ábside norte se conserva la pila bautismal, que tiene esculpida la base con diferentes motivos vegetales y una cruz.

La puerta de acceso se encuentra en el muro norte, un hecho poco habitual en el románico. Se trata de uno de los grupos escultóricos más interesantes de toda la provincia. Desgraciadamente la erosión le ha hecho perder gran parte de su esplendor.

Está formada por siete arquivoltas de medio punto en gradación. La más interior y la quinta están decoradas con un ajedrezado, mientras que en la segunda podemos ver varias figuras y en la tercera vemos unas palmetas esculpidas. Las otras tres arquivoltas están decoradas con baquetón.

Las dieciocho figuritas de la segunda arquivolta representan músicos, profetas y una bailarina. Desgraciadamente la mayoría de ellas están muy deterioradas.

Los capiteles de las columnas del lado izquierdo están decorados con motivos vegetales, básicamente hojas de acanto.  Los dos más interiores, en cambio, son historiados. En ellos podemos ver a figuras que huyen de grandes fieras que intentan devorarlas.

Los capiteles del lado derecho son mayoritariamente historiados, pero la gran erosión que han sufrido hace imposible su identificación. Los dos capiteles del exterior son de tipo vegetal.

Sobre la puerta vemos un campanario de espadaña de dos ojos, en el que se utilizaron algunos elementos escultóricos procedentes de otros lugares del templo. Así pues, podemos ver un Pantocrátor acompañado del Tetramorfos y también una imagen de la Virgen con el Niño al regazo.

Desde el interior del templo y a través de un arco apuntado de piedra y ladrillo, situado en el extremo noroeste, podemos acceder a la antigua sala capitular, restaurada recientemente. 

Se trata de una sala rectangular, dividida en dos naves gracias a tres columnas, dónde descansan los gruesos nervios que sostienen  las bóvedas de crucería.   Las bases de las columnas son áticas con bolas en los extremos. Uno de los capiteles no está esculpido. El central está decorado con hojas de acanto, piñas y volutas. En una de sus caras encontramos una cabeza de león, de la boca del cual salen dos piernas de un personaje humano. El tercer capitel está decorado con un entrelazado y pequeñas cabezas en los ángulos.