Por una escalera que nos conduce desde la actual entrada al monasterio, subimos al conocido como Panteón de los nobles.

Es una terraza situada sobre la sala del concilio en que encontramos dos hileras de nichos enmarcadas por unas líneas de imposta esculpidas con ajedrezado jaqués. Sus lápidas tienen forma de tímpano esculpido y están rodeadas por un arco de medio punto dovelado. Los del piso superior y algunos del inferior están reseguidos por un guardapolvo también esculpido con un ajedrezado. Este se apoya en pequeñas columnas, leones o cariàtides . La mayoría de nichos del piso inferior han sustituido el ajedrezado por bolas.

Los motivos con que se esculpieron los nichos son variados, destacando los crismones y las cruces. También se pueden ver un caballero a caballo, un escudo heráldico, una mandorla con una imagen difícil de reconocer en su interior y custodiada por dos ángeles, a más de figuras mitológicas.

El último entierro realizado en este lugar fue el del conde de Aranda Don Pedro Abarca de Bolea en 1798. Su sepulcro está en el muro de la iglesia. 

 

También se pueden encontrar, como en el claustro, empotradas en el muro numerosas lápidas grabadas con epitafios.

Pero San Juan de Peña, a más de ser un panteón de nobles también lo fue de reyes. El original panteón real ha quedado oculto por uno nuevo que construyó Carlos III y al que se accede desde la iglesia superior.

Actualmente se pueden ver algunas tumbas antropomorfas desde la antigua cocina del monasterio. En este pequeño espacio que ha quedado oculto tras la construcción del nuevo panteón, se encontraron las tumbas de Ramiro I, Sancho Ramírez y Pedro I. La de este último está decorada con motivos florales y en su interior se encontró el anillo del monarca. También se encontraron enterrados otros miembros de la familia real, así como varios objetos cotidianos de los reyes como pueden ser dados o anillos.