Cuando entramos al monasterio lo primero que vemos es la sala conocida como del Concilio. Es  de principios del siglo XI, momento en que se construyó esta sala y se alargó la iglesia mozárabe. Originariamente estaba cubierta con madera, pero en el mismo siglo XI se sustituyó por bóvedas de cañón. En el siglo XV la sala se incendió y fue necesario rehacer las bóvedas.

Recibe este nombre por un falso Concilio que se realizó en el año 1057. En realidad se trata del dormitorio de los monjes. Tiene forma trapezoidal dividida en cuatro tramos, que se comunican a través de grandes arcos de medio punto, apoyados en robustos pilares cruciformes. En la roca hay excavados algunos sepulcros antropomórficos.

Esta sala se comunica con la iglesia inferior o mozárabe a través de una puerta con arco de herradura.