Antiguo monasterio del podemos encontrar datos de su existencia antes de la invasión musulmana de la península (710 d.C.). De todos modos no nos ha llegado ningún resto de edificaciones anteriores al siglo XI. Muy probablemente fue arrasado en alguna de las múltiples incursiones musulmanas. Lo que si nos ha llegado son algunos capiteles y la pila bautismal de la época visigoda. Lo que podemos ver en la actualidad corresponde básicamente a los siglos XI y XII

El conde Bernardo Unifredo fue el encargado de reconstruir el monasterio, que estaba totalmente en ruinas y lo convirtió en panteón de los condes de la Ribagorza.

La iglesia monacal tiene planta basilical con tres naves de siete tramos cada una. La nave central, mucho más alta que las laterales, está cubierta con bóveda de arista en los tres primeros tramos, mientras que los otros cuatro tienen bóveda de cañón. Pasa una cosa similar en la nave del lado norte, donde los cuatro primeros tienen bóveda de arista y los tres últimos bóveda de cañón. Esta nave también destaca por estar unos cuarenta centímetros más elevada que el resto del templo. La del lado sur, en cambio, está totalmente cubierta por bóveda de arista. La separación entre naves se hace a través de arcos formeros de medio punto que descansan en pilastras cruciformes.

En mi visita al monasterio no pude acceder a su interior. Justo en frente del templo, podemos encontrar unos carteles informativos del lugar, dónde encontramos unas fotografías del interior, que nos permiten hacernos una pequeña idea de como es este edificio por dentro. He creído conveniente añadirlas para que vosotros también podáis haceros una idea de como es.

La cabecera está formada por tres ábsides semicirculares decorados externamente según los cánones lombardos. Así pues, podemos encontrar arcos ciegos, frisos de dientes de sierra y lesenas. En el ábside central encontramos los arcos ciegos que enmarcan unos nichos similares a los que encontramos en el templo de  San Joan de Palau-saverdera. Por encima de estos arcos encontramos un friso de celdas romboidales, de clara inspiración musulmana. 

El ábside principal está decorado internamente con cinco arcos de medio punto irregulares. Estos se apoyan en ménsulas adosadas y esculpidas, que guardan similitud estética con los capiteles de la portalada y son de época visigoda. Todos los arcos están apoyados en columnas adosadas, excepto los dos arcos de menor diámetro, ya que en aquel lugar estaba situada la silla del abad.

Este ábside está iluminado por tres ventanas de medio punto, que internamente y externamente están formadas por arcos en gradación. En los ábsides laterales encontramos dos ventanas en este caso abocinadas.

Los muros laterales del templo están decorados con un friso de arcos ciegos y lesenas , excepto en el último tramo, que fue reconstruido. A finales del siglo XIX se hundieron las bóvedas de la nave central y de la nave sur de este último último tramo. También en este sector se abrió una portalada en el siglo XVI formada por grandes dovelas sobre la que ha esculpido el escudo del monasterio.

A su lado, en el tramo anterior, se puede observar la portalada románica original. Es de arco de medio punto dovelada, con una arquivolta que se apoya en dos capiteles que cuesta de identificar. Están decorados, de forma muy esquemática, con motivos vegetales y como ya hemos comentado son de época visigoda. Sobre la puerta podemos ver un grande ventanal de medio punto. 

En este mismo muro sur se empezó a edificar una torre de campanario adosada en el siguiente tramo del templo. Desgraciadamente sólo se construyeron los muros hasta la altura de unos tres metros.

Del interior del templo destacan la imagen de la Virgen de Obarra, una talla de piedra policromada del siglo XIV, que sustituye al anterior románica, que desapareció. Durante la Guerra Civil la intentaron quemar. Por suerte sólo se perdió la mano derecha y parte de la policromía, pero se pudo restaurar y actualmente está situada en el ábside principal.

A los pies de la nave norte encontramos una pila bautismal. Se trata de un gran bloque de piedra vaciado y sin ningún tipo de decoración. Todo parece indicar que sus orígenes son visigodos.

Junto a la iglesia encontramos los restos del palacio abacial del siglo XVI. Sólo quedan algunos muros en que se pueden ver algunas ventanas, puertas, chimeneas y las bodegas.

Como en muchos monasterios románicos, podemos encontrar otro templo dentro del recinto de Obarra. Se trata de la iglesia de San Pablo, del siglo XII. Es una pequeña construcción de una sola nave cubierta con bóveda de cañón y acabada en ábside semicircular. Destaca el crismón que podemos encontrar sobre la puerta de medio punto del muro oeste. 

Cerca del templo había un puente gótico que cruzaba el río Isábena. El 2 de agosto del 1963 una fuerte riada lo destruyó. Todavía se pueden observar los restos de sus cimientos. Años más tarde se construyó una réplica unos metros más abajo, con tal de permitir el acceso al recinto monástico.