Església fortificada, situada just davant del Palau dels Reis de Navarra. Juntament amb el temple de Sant Miquel Arcàngel són les dues esglésies més importants de la ciutat. Està edificada en un dels costats de la muntanya on hi havia el castell d'Estella. S'hi accedeix per una llarga escalinata que parteix de la Rúa o carrer per on discorre el Camí de Santiago. La seva situació, sota el castell i al costat del camí dels peregrins, va fer que es fortifiqués, com es pot veure en el seu robust campanar, que té aspecte de torre de defensa.

Va ser consagrada l'any 1174 amb el nom de Sant Pere el Gran, tot i que les obres no estaven del tot acabades. Malgrat la seva planta irregular, degut a l'adaptació al terreny, té tres naus amb amplades diferents. Cadascuna d'aquestes naus es acabada en un absis. Destaca el principal, de transició entre el romànic i el gòtic, que té dos nivells d'arcuacions. En el superior podem veure finestres de mig punt formades per tres arcs en gradació i un parell de columnes amb capitells decorats amb motius fitomòrfics. Al nivell inferior podem veure cinc absidioles que no són visibles des de l'exterior. Les obertures d'aquestes estan formades per arcs apuntats amb capitells decorats i columnes. A l'interior de les absidioles podem trobar la imatge de la Verge de Betlem, una talla romànica del segle XII, procedent de l'església del Sant Sepulcre; un Crist Crucificat gòtic del segle XIV procedent de l'església de Santa Maria de Jus del Castillo, una pila baptismal romànica i una imatge de Sant Pere.

A l'absis de la nau esquerre, coneguda com la nau de l'Evangeli, trobem el retaule del Crucificat, del segle XVIII, que alberga la talla del Crist en Majestat de principis del segle XII. Aquesta nau té major amplada que la de l'Epístola, que alberga en el seu absis el retaule de Sant Nicolau, del segle XVII.

En 1512, en perdre Navarra la seva independència, les tropes castellanes van destruir tots els castells del regne. No va ser una excepció el castell d'Estella. Aquest va ser dinamitat i els blocs de pedra van caure sobre dues ales del claustre i les cobertes de la nau principal i la de l'Epístola, destruint-les. Les cobertes de la nau van ser reconstruïdes.

La porta d'accés al temple, d'influència mudèjar, és polilobulada i té moltes similituds amb les de les esglésies de Santiago de Puente la Reina i de San Roman de Cirauqui. Va ser construïda a finals del segle XII. Té vuit arquivoltes apuntades i ricament decorades amb motius geomètrics i vegetals. En la part central podem veure unes claus esculpides. En la primera, podem observar un bonic crismó. Els capitells que sustenten les arquivoltes estan decorats amb motius vegetals. També estan finament decorats els deu arquets que formen l'arc polilobulat.

Només podem observar dues ales del claustre. Desprès del derrumbament de les seves galeries fruit de la voladura del castell, es van reconstruir aquestes dues galeries. Estan formades per nou arcs de mig punt, sostingudes per per parelles de columnes amb capitells ricament decorats. Els del costat paral·lel a l'església estan decorats amb històries bíbliques com per exemple la Passió i Resurrecció de Crist, el Naixement de Jesús, la vida de Sant Llorenç, de Sant Andreu i Sant Pere. Els capitells de l'altra ala del claustre estan decorats amb motius vegetals, geomètrics o animals, amb una clara influència oriental.

En el claustre també podem observar la columna torsa, és a dir quatre columnes inclinades que s'entrellacen. Des de qualsevol punt que es miri, l'espectador només en pot veure tres, les quals representen el Misteri de la Santíssima Trinitat.