Els orígens del monestir es situen vers el segle VI. Es té constància de l'existència d'un monestir en època visigoda, que posteriorment va ser abandonat pels seus monjos, que buscaven una vida molt més austera i eremítica.

A principis del segle X, Franquilia recorre aquestes terres buscant als anacoretes que hi havia dispersats i els convenç per viure en comunitat. En l'any 909, el rei Ordoño II otorga  privilegis al cenobi, permetent així la seva reconstrucció.

La fama de santedat que tenien els seus monjos va traspassar fronteres i va propiciar nombroses donacions i privilegis. També va fer que nou bisbes del segle X deixessin la seva mitra per anar a viure al monestir. Per això figuren nou mitres en el seu escut.  En el seu honor, es va construir el claustre dels bisbes en el segle XIII, el més antic de l'actual conjunt.  

El poder i influència del cenobi va anar creixent fins al punt de d'originar diversos pleits i litigis amb els senyors de la zona. Per aquesta època, l'acció dels abats sembla que no era tan admirable com uns segles abans i cometien nombrosos abusos. Aquestes dues circumstàncies van desembocar en l'annexió al monestir de la Congregació de Sant Benet de Valladolid, per ordre del papa Juli II en 1506.

La filiació a aquest monestir va provocar una profunda reforma del cenobi. És en aquest moment quan es construeixen els altres dos claustres i bona part dels edificis que han arribat fins als nostres dies, convertint-se en un dels monestirs més importants de Galícia. També es va fundar el Col·legi d'Arts i Filosofia.

En 1835 és víctima de l'exclaustració, fet que provocarà el seu abandonament i progressiu deteriorament, fins que va ser adquirit per l'Estat Espanyol per allotjar-hi un Parador Nacional. Malgrat aquesta condició, es por circular lliurament pels seus claustres i  altres dependències.

L'església es va començar a construir en el 1184, encara en estil romànic, però mostra una clara transició cap al gòtic. Té planta basilical amb tres naus, dividides en quatre trams. Els dos més propers a la capçalera són romànics, mentre que els dos més occidentals ja estan fets segons els cànons gòtics.

En el primer tram de la nau, el més proper a la capçalera, trobem pilars cruciformes amb semicolumnes adossades i petites columnes en els angles.  En la resta de trams, degut al canvi d'estil constructiu, els pilars passen a ser rectangulars amb semicolumnes adossades. Els capitells estan decorats a base de motius vegetals. En la capçalera podem veure algun capitell figurat i amb bèsties fantàstiques com harpies.

Les naus tenen voltes estrellades, construïdes en el segle XVI, que van substituir a l'anterior coberta de fusta.

També es va substituir la façana romànica per una de renaixentista molt més senzilla.

La capçalera està formada per tres absis semicirculars. Sorprèn el fet que el central sigui molt més baix que els laterals, un fet poc freqüent en el romànic.

El motiu d'aquesta composició respon a deixar l'espai suficient per poder obrir una gran rosassa, que il·lumina el temple.

L'absis central està dividit en cinc espais gràcies a quatre columnes adossades, amb capitells vegetals. En cadascun d'aquests espais s'obria una finestra, decorada amb una arquivolta recolzada amb columnes, que tenen els capitells de tipus vegetal. Les finestres senars estaven obertes, si bé actualment es troben cegades, a excepció de la del costat sud.

Les dues finestres parelles eren cegades ja originàriament. En la seva part superior hi ha unes obertures circulars que formen una creu, sobre la que trobem un element escultòric a base de cercles concèntrics i boles.

Sota la cornisa trobem petits arcs cecs recolzats en mènsules, bellament esculpides amb motius vegetals, geomètrics i algun àngel. Entre les mènsules també trobem mètopes esculpides amb escenes litúrgiques, figures humanes i elements vegetals. Tot i tractar-se d'un conjunt escultòric excepcional, malauradament no sempre es possible accedir a aquest espai, ja que una porta amb un cadenat ens ho impedeix.

El fris d'arcs cecs i mètopes es repeteix en els absis i murs laterals del temple.

Pel que fa a l'interior dels absis, poques coses podem dir, doncs es troben ocults per retaules barrocs.  Només podem veure les seves voltes de quart d'esfera, reforçades per nervis, que es recolzen en columnes adossades.

En el primer tram del temple, entre les naus central i nord, trobem un dels elements més interessants del temple. Es tracta d'un retaule de pedra, de forma pentagonal. Algunes fonts afirmen que es podria tractar del timpà de l'antiga portalada romànica, doncs trobem similituds amb altres timpans de la zona.

Està esculpit per les dues cares. En la frontal veiem  a Jesucrist  acompanyat pels dotze apòstols, tots ells protegits per arcs cecs. En la part central veien a Crist en actitud de beneir i portant una creu. El flanquegen les figures de Sant Pere i Sant Pau. Aquestes tres imatges estan separades de la resta per dues petites columnes, que tenen els capitells decorats amb aus que picotegen les seves potes.

La part posterior presenta una decoració més austera. L'espai està dividit  tretze arcs de mig punt, recolzats en columnetes. En l'arc central trobem la figura de Crist. La resta estan buits.

Pel que fa a la resta de dependències monàstiques, destaca el claustre dels bisbes. Està adossat al mur nord del temple.

Es va construir en el segle XIII, tot i que va ser ampliat amb un pis superior.

Fruit d'aquesta reforma són les voltes de creueria gòtiques i els contraforts per reforçar l'estructura.

Els arcs de mig punt es recolzen en parelles de columnes, que tenen els capitells esculpits bàsicament amb motius vegetals o geomètrics. Malgrat això podem veure alguns altres motius, com gossos, llebres, harpies, sirenes ocell  o alguna figura humana.

En l'angle sud-est trobem una porta que ens permet accedir al pis superior i altres dependències monàstiques. És una porta de mig punt amb dos capitells bellament decorats.

En el del costat esquerre es va representar el sacrifici d'Isaac, mentre que en el del costat dret hi ha esculpida una harpia.