Quan entrem al monestir el primer que veiem és la sala coneguda com del Concili. Es  de principis del segle XI moment en que es va construir aquesta sala i es va allargar l'església mossàrab. Originàriament estava coberta amb fusta, però en el mateix segle XI es va substituir per voltes de canó. En el segle XV la sala s'incendià i fou necessari refer les voltes.

Rep aquest nom per un fals Concili que es va realitzar l'any 1057. En realitat es tracta del dormitori dels monjos. Té forma trapezoïdal dividida en quatre trams que es comuniquen a través de grans arcs de mig punt que es recolzen en robustos pilars cruciformes. A la roca hi ha excavats alguns sepulcres antropomòrfics.

Aquesta sala es comunica amb l'església inferior o mossàrab a través d'una porta amb arc de ferradura.