El lloc de Besians apareix citat en  un document de principis del segle X, quan el prevere Malanogeco va donar a Santa Maria d'Obarra una vinya que tenia en aquest indret. No serà fins l'any 1018 que trobem una referència a aquest temple, quan Daniel, prevere de Besians, dóna testimoni de les restauracions que s'han realitzat en els esglésies de Montenigro.

Inicialment estava dins el terme de Santa Llestra, fins que a finals del segle XI, el rei Pere I d'Aragó i de Ribagorça va infeudar la vila de Besians al comte Ramon de Pallars Jussà. Això va comportar la segregació de Besians de Santa Llestra.

Pocs anys més tard, en 1102, el monarca va donar tots els bens que tenia a Besians a Sant Vicenç de Roda, com a ofrena per tal que els monjos intercedissin en la curació del seu fill Pere. També va dotar al temple de San Joan amb nombrosos beneficis. Poc abans de la seva mort, Alfons I d'Aragó va donar el temple també a l'església de Roda, amb tots els seus drets. Aquesta cessió va ser confirmada per Ramir II el Monjo l'any 1136.   

El temple es troba en una elevació del terrenys, sobre el riu Éssera, on es situava antigament la població de Besians. Amb el pas dels segles i l'allunyament de les fronteres, com molts altres pobles, els seus habitants van anar abandonant les posicions estratègiques i elevades, per instal·lar-se a la vall, molt més fèrtil i habitable. L'església sobreviu entre les restes dels antics habitatges, alguns dels quals comencen a rehabilitar-se com a segones residències.

Malauradament aquest trasllat de la població, ha comportat que el temple quedés abandonat i un estat de runa preocupant. Durant l'any 2002 es van realitzar unes tímides obres de consolidació del temple, que s'han mostrat insuficients. Només es van consolidar l'absis i la volta de la nau romànica, però no es va fer cap actuació important en la torre, que resta sense consolidar i amenaça amb desplomar-se sobre la nau del temple.

També una important humitat està malmetent la unió entre la nau i la torre, debilitant encara més la seva estabilitat. També ja ha començat a crear danys irreparables, com la pèrdua de part d'una creu de consagració pintada en el costat dret del presbiteri.

L'església té una sola nau, coberta amb una volta de canó i capçada a l'est per un absis semicircular, precedit d'un ampli presbiteri.

Sorprèn que la volta presbiteral encara es mantingui en peu, a jutjar per la deformitat que té, provocada pel pes del campanar, adossat al mur sud. Esperem que les humitats o l'esfondrament de la torre no acabin amb aquesta volta, que tants segles ha superat. Encoratgem a les administracions que posin fil a l'agulla abans no sigui massa tard...

Si mirem l'absis des de l'exterior veurem una gran finestra de mig punt i doble esqueixada. En un nivell inferior trobem dues obertures més, que ens revelen l'existència d'una cripta sota la capçalera.

En el segle XVI es va modificar el temple, afegint un cos més cap a ponent. Curiosament, aquest tram és el que pitjor ha resistit el pas dels anys, doncs s'ha esfondrat la seva coberta.

També es va construir una nova porta d'accés en aquest sector, substituint l'original romànica, situada en el mur sud i actualment cegada. Aquesta era de mig punt adovellada.

El temple té dues portes més en el mur nord, situades a diferents alçades.

La superior, actualment incomprensible, segurament comunicava amb dependències del castell, que estaria adossat al temple. També ens fa suposar l'existència d'alguna estructura, avui desapareguda. Aquesta porta té una llinda, amb permòdols a la part exterior.

L'altra porta és de mig punt a la nau i amb llinda i permòdols a l'exterior.

Junt a aquesta porta en trobem una altra, que mitjançant unes escales situades a l'interior del mur, ens condueixen cap a la cripta.

La cripta ocupa l'espai de l'absis i del presbiteri. Dues finestres il·luminen el seu espai, obrint el seu arc directament a la volta.

Aquesta volta és de perfil baix i està ennegrida pels focs que de ben segur es van fer en aquest espai durant el seu abandó. També presenta un gran forat en la part més occidental, debilitant la seva estructura.

Tornant a l'església, la capçalera presenta una sèrie de particularitats que cal remarcar. A la dreta de l'absis trobem una petita estança, a mode de braç nord del transsepte. Es tracta de la part baixa de la torre, que està coberta amb una volta de canó i amb un absis semicircular excavat en el mur est.

En el costat nord del presbiteri hi trobem un altre absis semicircular, també excavat en l'interior del mur i orientat a tramuntana.