Antic monestir del que es tenen notícies abans de l'invasió musulmana de la península (710 d.C.). De totes maneres no ens ha arribat cap resta d'edificacions anteriors al segle XI. Molt probablement fou arrasat en alguna de les múltiples ratzies musulmanes.El que si ens ha arribat són alguns capitells i la pica baptismal de l'època visigoda. El que podem veure en l'actualitat correspon bàsicament als segles XI i XII.

El compte Bernat Unifred l'encarregat de reconstruir el monestir, que estava totalment enrunat i el va convertir en panteó dels comptes de la Ribagorça.

L'església monacal té planta basilical amb tres naus de set trams cadascuna. La nau central, molt més alta que les laterals, està coberta amb volta d'aresta en els tres primers trams, mentre que els altres quatre tenen volta de canó. Passa una cosa similar en la nau del costat nord, on els quatre primers tenen volta d'aresta i els tres darreres volta de canó. Aquesta nau també destaca per estar uns quaranta centímetres més elevada que la resta del temple. La del costat sud, en canvi, està totalment coberta per volta d'aresta. La separació entre naus es fa a través d'arcs formers de mig punt que descansen en pilastres cruciformes.

En la meva visita al monestir no vaig poder accedir al seu interior. Just al davant del temple, podem trobar uns plafons informatius de l'indret on trobem unes fotografies de l'interior que ens permeten fer-nos una petita idea de com és aquest edifici per dins. He cregut convenient afegir-les per tal que vosaltres també pugueu fer-vos una idea de com és.

La capçalera està formada per tres absis semicirculars decorats externament segons els cànons llombards. Així doncs podem trobar arcs cecs, frisos de dents de serra i lessenes. En l'absis central trobem els arcs cecs que emmarquen uns nínxols similars als que trobem en el temple de Sant Joan de Palau-Saverdera. Per sobre d'aquests arcs trobem un fris de cel·les romboïdals, de clara inspiració musulmana. 

L'absis principal està decorat internament amb cinc arcs de mig punt irregulars. Aquests es recolzen en mènsules adossades i esculpides, que guarden similitud estètica amb els capitells de la portalada i són d'època visigoda. Tots els arcs estan recolzats en columnes adossades, excepte els dos arcs de menor diàmetre, ja que en aquell indret estava situada la cadira de l'abat.

Aquest absis està il·luminat per tres finestres de mig punt, que tant internament com externament estan formades per arcs en gradació. En els absis laterals trobem dues finestres en aquest cas esqueixades.

Els murs laterals del temple estan decorats amb un fris d'arcs cecs i lessenes, excepte en el darrer tram, que va ser reconstruït. A finals del segle XIX es van enfonsar les voltes de la nau central i de la nau sud d'aquest darrer darrer tram. En aquest tram s'obre una portalada del segle XVI amb grans dovelles sobre la que hi ha esculpit l'escut del monestir.

Al seu costat, en el tram anterior, es pot observar la portalada romànica original. És d'arc de mig punt adovellada, amb una arquivolta que es recolza en dos capitells que costa de reconèixer. Estan decorats, de forma molt esquemàtica, amb motius vegetals i com ja hem comentat són d'època visigoda. Sobre la porta podem veure un gran finestral de mig punt. 

En aquest mateix mur sud es va començar a edificar una torre de campanar adossada en el següent tram del temple. Malauradament només es van construir els murs fins l'alçada d'uns tres metres.

De l'interior del temple destaquen la imatge de la Verge d'Obarra, una talla de pedra policromada del segle XIV, que substitueix a l'anterior romànica i que va desaparèixer. Durant la Guerra Civil la van intentar cremar. Per sort només es va perdre la mà dreta i part de la policromia, però es va poder restaurar i actualment està situada en l'absis principal.

Al peus de la nau nord trobem una pila baptismal. Es tracta d'un gran bloc de pedra buidat i sense cap tipus de decoració. Tot sembla indicar que els seus orígens són visigots.

Al costat de l'església trobem les restes del palau abacial del segle XVI. Només queden algunes restes en que es poden veure algunes finestres, portes, xemeneies i les bodegues.

Com en molts monestirs romànics, podem trobar un altre temple dins del recinte d'Obarra. Es tracta de l'església de Sant Pau, del segle XII. És una petita construcció d'una sola nau coberta amb volta de canó i acabada en absis semicircular. Destaca el crismó que podem trobar sobre la porta de mig punt del mur oest. 

Prop del temple hi havia un pont gòtic que creuava el riu Isábena. El 2 d'agost del 1963 una forta riuada el va destruir. Encara es poden observar les restes dels seus fonaments. Anys més tard es va construir una rèplica uns metres més avall, per tal de permetre l'accés al recinte monàstic.