L'any 874 el monestir d'Ovarra va augmentar els seus dominis a la zona amb l'agregació del cenobi de Sant Martí de Cavallera i els terrenys limítrofs a aquest, entre els que es trobaven els llocs de Santa Lestra i Besians. Aquests dos indrets van jugar un paper destacat en la defensa de la frontera entre cristians i musulmans. Per això, des de ben aviat, el monestir de Santa Maria d'Obarra va ordenar fortificar la zona, construint torres i castells per la zona. Un d'aquest va ser el de Santa Lestra, del que gairebé no s'ha conservat cap resta i actualment resten amagades en mig de la vegetació.

En l'any 1006 la zona va ser arrasada per  Abd al-Malik al-Muzaffar, fill d'Almansur. En el 1018, el rei Sanç III el Gran de Navarra van reconquerir Santa Llestra. Això va ser motiu de constants disputes entre els cavallers Riculf i Arnald, homes de confiança del monarca, als que havia deixat el control de la zona i l'abat d'Obarra, que en reclamava la seva possessió al·ludint raons històriques. Aquestes disputes van acabar l'any 1020, quan els dos cavallers van cedir les terres al monestir a canvi de 100 sous. El principal argument per a poder entendre aquestes disputes era que aquesta zona de la vall del Éssera era molt fèrtil i productiva comparada amb les valls més tancades del nord.

El temple, dedicat a Nostra Senyora de la Pietat, era la capella de l'antic recinte fortificat. Està formada per una sola nau, capçada a l'est per un absis semicircular. En la part central del tambor absidal s'obre una finestra de mig punt i doble esqueixada. Fins fa uns anys, el temple presentava un sobrealçament en la zona de la capçalera, eliminat en la darrera restauració.

Adossat al mur de migdia del presbiteri, trobem l'element més característic del temple. Es tracta d'un campanar de cadireta de dos ulls, construït perpendicularment a la nau.

Al seu costat veiem les restes d'una lesena amb que estava decorat l'absis. Cal pensar que l'absis originàriament va ser construït segons el model llombard, però amb el pas dels segles i les modificacions patides, s'han perdut els elements ornamentals.

La porta original del temple es troba en el mur sud, als peus de la nau. Està formada per un senzill arc de mig punt adovellat.  En la darrera restauració s'ha tornat a obrir aquest accés, que havia estat cegat i substituït per una porta moderna en el mur oest.